Tn-grid TN-Grid [1] è un contenitore di progetti di volunteer computing su piattaforma BOINC, sviluppato e sostenuto dalla Area di Ricerca di Trento del Consiglio Nazionale delle Ricerche e ospitato dall'Università di Trento. ProgettiAttivo dal 2014, ospita il progetto gene@home[2], in collaborazione con la Fondazione Edmund Mach, che si occupa di estendere le reti geniche (GRN), utilizzando come punto di partenza organismi modello ben noti (come Escherichia coli) per poi confrontare i risultati in silico con quelli in vitro, aumentando così la comprensione dei processi biologici sottostanti. L'algoritmo che si occupa di trovare le relazioni causali tra geni è chiamato PC-IM e si basa sul coefficiente di Pearson. Il codice sorgente del progetto è open source. Finalità scientificheLa conoscenza delle espansioni delle rete geniche di organismi modello (e le loro variazioni), consente di applicare gli stessi algoritmi anche ad altre piante, animali e finanche all'essere umano, permettendo una migliore conoscenza di questo settore di ricerca, con possibili conseguenze in campo medico o, come con Vitis vinifera, per permettere un minor ricorso ai pesticidi. A tutt'oggi le simulazioni hanno riguardato:
Piattaforme compatibiliL'applicativo del progetto, oltre a funzionare sulle principali piattaforme software (Windows, Linux, Mac OS X), è compatibile con l'architettura ARM con distribuzioni Linux (come, ad esempio, Raspberry). Applicativi ottimizzatiGrazie alla collaborazione di alcuni volontari, è stato possibile creare degli applicativi ottimizzati per CPU, utilizzando le estensioni SSEx, AVX e FMA, che migliorano in maniera sensibile la velocità di esecuzione dei calcoli. Note
Collegamenti esterni
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