Fortsetzung der mikrogeologischen Studien. in Abhandlungen der königlichen Akadademie der Wissenschaft Berlin 1875.
Aufbau von Bacillarien-Wänden. 1872.
Gedächtnissrede auf Alexander von Humboldt. Oppenheim, Berlin 1870.
Gedächtnissrede gehalten am 3. August 1856. Berlin 1856.
Über die Stellung der Universitäten im Staate. Berlin 1856.
Mikrogeologie. Voss, Leipzig 1854–56.
Über die Formbeständigkeit und den Entwicklungskreis der Organischen Formen. Dümmler, Berlin 1852.
Passat-Staub und Blut-Regen. Berlin 1849.
Mittheilungen über den rothen Passatstaub und das dadurch bedingte Dunkelmeer der Araber. Reimer, Berlin 1848.
Rede zur Feier des Leibnitzischen Jahrestages über Leibnitzens Methode, Verhältniss zur Natur, Forschung und Briefwechsel mit Leeuwenhoek. Voss, Leipzig, Berlin 1845.
Verbreitung und Einfluss mikroskopischen Lebens in Süd- und Nord-Amerika. Berlin 1843.
Über noch zahlreich jetzt lebende Thierarten der Kreidebildung. Berlin 1840.
Die Bildung der europäischen, libyschen und arabischen Kreidefelsen und des Kreidemergels aus mikroskopischen Organismen. Berlin 1839.
Mikroskopische Analyse des curländischen Meteorpapiers von 1686. Berlin 1839.
Atlas über Infusionsthierchen. Voss, Leipzig 1838.
Die Infusionsthierchen als vollkommene Organismen. Voss, Leipzig 1838.
Die fossilen Infusorien und die lebendige Dammerde. Berlin 1837.
Beobachtung einer auffallenden bisher unerkannten Structur des Seelenorgans bei Menschen und Thieren. Berlin 1836.
Zusätze zur Erkenntnis grosser Organisationen im kleinen Raume. Berlin 1836.
Das Leuchten des Meeres. Berlin 1835. (co: Bernhard Wienker)
Organisation in der Richtung des kleinsten Raumes. Berlin 1834.
Zur Erkenntniss der Organisation in der Richtung des kleinsten Raumes. Dümmler, Berlin 1832.
Organisation, Systematik und geographisches Verhältniss der Infusionsthierchen. Berlin 1830.
Symbolæ physicæ. Berlin 1828–45. (co: Friedrich Wilhelm Hemprich und Johann Christoph Klug)
Die geographische Verbreitung der Infusionsthierchen in Nord-Africa und West-Asien. Berlin 1828.
Naturgeschichtliche Reisen durch Nord-Afrika und West-Asien in den Jahren 1820 bis 1825 von Dr. W. F. Hemprich und Dr. C. G. Ehrenberg, Historischer Theil. Mittler, Berlin 1828.
Reisen in Aegypten, Libyen, Nubien und Dongala. Mittler, Berlin, Posen, Bromberg 1828.
Beitrag zur Characteristik der nordafrikanischen Wüsten. Schade, Berlin 1827.
Sylvae mycologicae Berolinensis. Bruschcke, Berlin 1818.