1827年、Joseph von Utzschneider が運営していた、ミュンヘンの光学研究所の研修生となった[3]。1826年11月3日には Utzschneider に宛てて"Theoretisches Studium der Mathematik hat immer für mich das größte Interesse gehabt"と書いている。また、シューマッハの姪との交際を再開したが、家を出禁にされた。その後の1828年11月末、ミュンヘンに向かい Utzschneider の家に引き取られた。また、1828年には、クラウゼンの公式(英語版)を、1832年には、クラウゼン関数を発見している[4][5]。1833年、クラウゼンは病を患った。彼の1834年から1840年までの話は残っていない。1840年6月、クラウゼンは徒歩の旅を経て、アルトナのシューマッハのもとに帰還した。この間、ガウスはシューマッハにむけて、次のような手紙を送っている。
Es wäre doch sehr zu beklagen, wenn sein wirklich ausgezeichnetes Talent für abstracte mathematik in der Verkümmerung so ganz zu Grunde ginge. Liesse sich nicht etwas für ihn thun?
ミュンヘンに帰った後に彼の数学の最も偉大な作品を出版した。1840年、1770年の彗星に関する論文を出版している。この功績で、コペンハーゲンの王立科学協会(königlichen Gesellschaft der Wissenschaften)より賞を獲得している。1842年、ヨハン・メドラーにタルトゥ天文台のスタッフとして雇われ、1866年から1872年の間、台長を務めた。
^Holger Krahnke: Die Mitglieder der Akademie der Wissenschaften zu Göttingen 1751–2001 (= Abhandlungen der Akademie der Wissenschaften zu Göttingen, Philologisch-Historische Klasse. Folge 3, Band 246 = Abhandlungen der Akademie der Wissenschaften in Göttingen, Mathematisch-Physikalische Klasse. Folge 3, Band 50). Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 2001, ISBN 3-525-82516-1, S. 59.
Kurt-R. Biermann: Thomas Clausen, Mathematiker und Astronom. Crelle Journal, vol. 216 (1964), S. 159–198.
Kurt-R. Biermann: Thomas Clausen als Astronom. Janus, vol. 57 (1970), Nr. 4, S. 299–305.
Fritz Treichel: Clausen, Thomas. In: Schleswig-Holsteinisches Biographisches Lexikon. Band 4. Karl Wachholtz Verlag, Neumünster 1976, S. 40–42.
Kurt-R. Biermann: Genie ohne Chance: Thomas Clausen, Joseph von Fraunhofers designierter Nachfolger. Kultur & Technik, Zeitschrift des deutschen Museums, vol. 15 (1991), Nr. 3, S. 42–45.