Nachricht von einer Raupe, so etliche Jahre her an manchen Orten in Sachsen vielen Schaden gethan; nebst einigen aus der Natur dieser Raupe hergeleiteten Vorschlägen, solche am leichtesten zu verringern und auszurotten; auf Verlangen entworfen und dem Druck überlassen. Regensburg: Emanuel Adam Weiß (1752)
Die Armpolypen in den süßen Wassern um Regensburg entdecket und beschrieben. Regensburg: Weiß (1754)
Neuentdeckte Theile an Raupen und Zweyfaltern. Nebst der Verwandlung der Hauswurzraupe zum schönen Tagvogel mit rothen Augenspiegeln. Regensburg: Weiß (1754)
Der Afterholzbock vormals in einem lateinischen Sendschreiben an den Herrn von Reaumur itzo in deutscher Sprache beschrieben; Und mit einer Nachricht von der Frühlingsfliege mit kurzen Oberflügeln begleitet. Nebst einer Kupfertafel mit Figuren in Farben. Regensburg: Weiß (1755)
Die Blumenpolypen der süßen Wasser beschrieben und mit den Blumenpolypen der salzigen Wasser verglichen; nebst drey Kupfertafeln mit Figuren in Farben. Regensburg: Weiß (1755).
Der krebsartige Kiefenfuß mit der kurzen und langen Schwanzklappe. Regensburg: Weiß (1756)
Das fliegende Uferaas oder der Haftt wegen desselben am 11ten Augustmon. an der Donau, und sonderlich auf der Steinernen Brücke, zu Regensburg ausserordentlich häufigen Erscheinung und Fluges. Regensburg: Zunkel (1757)
Verschiedene Zwiefalter und Käfer mit Hörnern Nebst drey Kupfertafeln mit Figuren in Farben. Regensburg: Zunkel (1758)
Vorrede zum Werk Onomatologia historiae naturalis Completa oder vollständiges Lexicon das alle Benennungen der Kunstwörter der Naturgeschichte nach ihrem ganzen Umfang erkläret und den reichen Schatz der ganzen Natur durch deutliche und richtige Beschreibungen des nützlichen und sonderbaren von allen Thieren, Pflanzen und Mineralien sowohl vor Aerzte als andere Liebhaber in sich faßt. Zu allgemeinem Gebrauch von einer Gesellschaft naturforschender Aerzte nach den richtigsten Urkunden zusammengetragen. Band 1 bis 7. Ulm, Frankfurt am Main und Leipzig: Gaumische Handlung (1761 – 1777) (Schäffers Vorrede umfasst 40 Seiten)
Die Egelschnecken in den Lebern der Schaafe und die von diesen Würmern entstehende Schaafkrankheit. Zweyte Auflage. Regensburg, Neubauerische Schriften (1762)
Fungorum qui in Bavaria et Palatinu circa Ratisbonam nascuntur icones nativis coloribus expressae. Regensburg: Verlag unbekannt (1762 und 1774).
Die Sattelfliege. 2. Auflage. Regensburg: Neubaurische Schriften (1762)
Das Zwiefalter oder Afterjuengferchen. 2. Auflage. Regensburg: Johann Leopold Montag (1763)
Der wunderbare und vielleicht in der Natur noch nie erschienene Eulenzwitter, nebst der Baumraupe aus welcher derselbe entstanden. 2. Auflage. Regensburg: Johann Leopold Montag (1763)
Erläuterte Vorschläge zur Ausbesserung und Förderung der Naturwissenschaft. Regensburg: Johann Leopold Montag (1763 und 1764)
Abhandlungen von Insekten. Regensburg: Johann Leopold Montag (1764 und 1779)
Robert Zander, Fritz Encke, Günther Buchheim, Siegmund Seybold (Hrsg.): Handwörterbuch der Pflanzennamen. 13. Auflage. Ulmer Verlag, Stuttgart 1984, ISBN 3-8001-5042-5.
Schäffer, Jacob Christian Gottlieb von: Die bequeme und höchstvortheilhafte Waschmaschine. Wie solche in den damit gemachten Versuchen bewährt gefunden und damit dieselbe um so sicherer und nützlicher gebraucht werden könne hin und wieder abgeändert und verbessert worden. Regensburg: Zunkel, 1766
Eckart Roloff: Jacob Christian Schäffer: Der Regensburger Humboldt wird zum Pionier für Waschmaschinen, Pilze und Papier. In: Eckart Roloff: Göttliche Geistesblitze. Pfarrer und Priester als Erfinder und Entdecker. Wiley-VCH, Weinheim 2010, S. 159-182. ISBN 978-3-527-32578-8.
