他のいくつかの寄生植物の科と共にラフレシア目に所属させる研究者が多かったが、ラフレシア科はAPG分類体系では分類未確定の科であった。最近の研究では、一部の属のみを狭義のラフレシア科としてキントラノオ目に所属させ (Barkman et al. 2004)、ラフレシア目の他の科との関連を否定する (Nickrent et al. 2004)。
Barkman, T.J., S.-H. Lim, K. Mat Salleh and J. Nais. 2004. Mitochondrial DNA sequences reveal the photosynthetic relatives of Rafflesia, the world's largest flower. Proceedings of the National Academy of Sciences of USA101:787-792.[1]
Davis, C.C., M. Latvis, D.L. Nickrent, K.J. Wurdack and D.A. Baum 2007. Floral Gigantism in Rafflesiaceae. Science315:1812.[2]
Meijer, W. 1997. Rafflesiaceae, in Flora Malesiana I, 13: 1-42.
Nickrent, D.L., A. Blarer, Y.-L. Qiu, R. Vidal-Russell and F.E. Anderson. 2004. Phylogenetic inference in Rafflesiales: the influence of rate heterogeneity and horizontal gene transfer. BMC Evolutionary Biology4: 40 (HTML 要旨PDF 全文).
Rafflesiaceae in Watson, L., and Dallwitz, M.J. 1992 onwards. The families of flowering plants: descriptions, illustrations, identification, and information retrieval. Version: 29th July 2006. http://delta-intkey.com.