직업으로서는 모험계, 해양계, 상인계 크게 세가지로 나뉘며 그 계열에서도 직업 분류가 다양하다. 외모는 캐릭터 생성시 및 게임 내 아이템으로도 바꿀 수 있으며, 플레이 상황에 따라 새로운 옷들을 구매·제작·발견할 수 있다.
게임은 스킬 중심이며, 이와 함께 명성치가 큰 영향을 끼친다. 플레이어는 항해를 하거나 교역을 하는 등의 행위, 또는 퀘스트를 받아 이를 푸는 등을 통해 경험치와 명성치를 얻어 레벨업이나 명성에 따른 이벤트 진행을 할 수 있게 된다. 또한, 명성치에 따라 자동적으로 부여되는 스토리 진행(이를 보통 이벤트라 칭한다)에 따라 입항 허가를 받아 캐릭터가 이동할 수 있는 해역이 늘어나기도 한다.
대형 이벤트로서, 국가간 대항전인 대해전,카드 덱 대결인 아카데미등이 있다. 비정기적으로 개최되는 'Live Event'도 가끔 개최된다. (Ex:성 안토니우스축제, 베네치아 가면 축제, 부활절축제)
기본적으로 2클라이언트 (2개의 게임을 같이 실행)하는 것이 가능하며 윈도 7이상에서는 더 많이 가능하다. 사실, 대항해시대 온라인 운영진은 다수의 클라이언트를 동시에 운용하는 것을 금하고 있기에 사실상 불법이지만, 게임 유저들의 편의 상 어느 정도의 허용은 해준다고 한다.
특히, 대항해시대 인벤에 들어가면 다운로드 받을 수 있는 네비게이션(DHO NAVI) 프로그램 이나, 2 클라이언트 플레잉 까지는 사실상 허용을 해주기에 대항해시대 온라인 유저들의 편의성 증대를 목적으로 한 운영진의 방침은 그에 맞게 실현되었다고 볼 수 있다.
이벤트 등장인물
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국가마다 자신들의 이야기 구조를 따르는 이벤트가 있다. 잉글랜드, 에스파니아, 포르투갈은 이 진행 결과에 따라 게임 진행의 양상이 변화한다. 여기서는 간단한 줄거리와 등장인물을 소개한다. 등장인물 이름의 굵은 글씨는 약칭이다.
에스파니아
발타자르 올리베이라 (38,남)(에스파니아) - 가끔 포르투갈 이벤트에서도 등장한다.
에드워드 데 마스칼레나스 (20,남)(에스파니아) - 가끔 포르투갈 이벤트에서도 등장한다.
아고스티노 (39,남)(에스파니아) - 가끔 포르투갈 이벤트에서도 등장한다.
발바롯사 하이레딘 파샤 (38,남)(오스만 투르크) - 가끔 포르투갈 이벤트에서도 등장한다.
9월 8일 오픈 베타 서비스 시작과 함께 이리스, 제우스, 하데스, 아폴론(틴[6]) 서버 추가.[7]
논란 거리
2009년12월 일본에서 《El Oriente(엘 오리엔테)》[8]의 오프닝 동영상을 발표하자 일본인들이 코에이사를 향해 분노를 나타냈다. 이 동영상에는 희미하게 한국해를 의미하는 프랑스어‘Mer de Coree’가 표시되었다는 게 그 이유였다.[9] 결국 제작진측에서는 이 동영상을 폐기하고, 서비스 5주년을 기념하는 차원에서 새로운 오프닝 동영상[10]을 제작하였다.
2010년4월 21일 《El Oriente(엘 오리엔테)》 챕터1 《The Morning Calm》 업데이트 중 프리 조선(자유조선) 중 조선 강화 시스템이 캐시로 나오면서 일주일동안 비판을 받았다. 그러자 넷마블 측은 결국 일부 NPC와의 전투에서 전리품으로 나오게 하게 되었다.
2010년9월 7일 이날 유저들이 가장 많이 쓰는 구입발주서와 의뢰알선서가 패치 이후에 재고량이 종전의 5분의 1로 감소하여 이용자들이 큰 타격을 입고 심한 비판을 하였으며 이후에도 이 논란은 계속되어 이용자들이 가장 많이 이탈한 계기가 되었으며, 또한 면책 조항중에 대항해시대 온라인 서비스 종료에 관한 조항으로 인해 대항해시대 온라인의 서비스 종료에 대한 소문이 이어지자 제작진 측은 10일에 이 조항을 삭제하였다.
2011년8월 2일 《Tierra Americana》 업데이트와 함께 논란이 되었던 특수 조선 강화 허가증과 강화 3종 아이템을 이벤트를 제외한 게임플레이로는 획득할 수 없도록 변경했고, 퀘스트로 획득하는 구입발주서는 감소분을 원상복구 하였다.
