2005년 10월 21일에 공포된 우정민영화 관련 6개 법안 중 일본우정주식회사법에 규정된 우편국 주식회사와 우편사업 주식회사의 발행 주식을 모두 보유하고, 이들 회사의 경영 관리와 업무 지원을 행하는 것을 목적으로 2006년 1월 23일에 설립되었다.
2007년 10월 1일에 일본우정공사가 운영중인 사업을 이관받아 우편국 주식회사, 우편사업 주식회사, 유초 은행(우편저금은행), 간포 생명보험(간이보험회사)의 4개 사의 주식을 소유한 지주회사가 되었으며, 동시에 일본우정공사는 해산하였다.
일본우정은 일본우정그룹의 경영을 총괄하고, 경영자 선임, 비즈니스 모델 수립, 직원 및 자산의 배분 등을 행하며, 2017년 이후에는 우편사업 주식회사와 우편국 주식회사의 주식은 전량 보유하지만, 유초 은행과 간포 생명보험의 주식은 2017년 9월까지 단계적으로 전량 매각하여 그룹에서 완전 분리하는 것으로 규정되었다. 다만 전량 매각 이후에 다시 매입할 수 있으며, 4개 회사간 상호 출자가 가능하다. 또한 정부는 일본우정 주식회사의 총 주식의 3분의 1 이상을 보유한다.[1]
2012년 5월에는 우정민영화 관련 법률이 개정되어 2012년 10일 1일자로 우편국 주식회사와 우편사업 주식회사가 합병하여 "일본우편 주식회사"가 되었다.
2015년 11월 4일, 일본 정부는 일본우정의 전체 주식 중 11%의 지분을 민간에 매각함과 동시에 일본우정을 도쿄 증권거래소 제1부에 상장하였다. 동시에 일본우정이 보유한 유초 은행과 간포 생명보험 주식의 각각 11%도 민간에 매각하여 두 회사를 도쿄 증권거래소 제1부에 상장하였다.
2019년 12월 20일 - 일본우정의 스즈키 야스오 수석 부사장이 총무성의 스즈키 시게키 사무차관으로부터 간포 생명보험의 부정 계약 문제에 관한 행정 처분안의 정보를 제공받고 있었던 것으로 밝혀져 스즈키 시게키 사무차관이 정직 3개월의 징계 처분을 받고 이날 사임. 한편 다카이치 사나에총무대신은 일본우정그룹의 임원에 총무성 관료 출신이 취임하고 있던 것에 대해 "감독 관청으로서 공정, 공평한 판단을 할 수 없게 된다"라는 입장을 발표.