С декабря 1976 по декабрь 1979 года обучался в аспирантуре Ленинградского отделенияИнститута истории СССРАН СССР (с 1992 — Санкт-Петербургский филиал Института российской истории РАН, с 2000 — Санкт-Петербургский институт истории РАН), научный руководитель — И. П. Шаскольский. С января 1980 года — сотрудник ЛОИИ СССР АН СССР, исполнял обязанности учёного секретаря (до 1984) сектора истории СССР периода феодализма. В том же 1980 году защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата исторических наук по теме «Россия и Финляндия во время Северной войны», и в том же году занял должность младшего научного сотрудника сектора истории СССР периода феодализма. С июля 1986 года — научный сотрудник; с мая 1989 — старший научный сотрудник того же отдела. С того же 1989 года преподавал историю скандинавских стран на Филологическом факультете СПбГУ.
В 1990 году защитил докторскую диссертацию по теме «Западноевропейские источники по истории России первой четверти XVIII в.: (Ч. Уитворт, Г. Грунд, Л. Ю. Эренмальм)». С декабря 1992 года — ведущий научный сотрудник отдела древней истории России; с февраля 1994 — заведующий отделом источниковедения и архивом. В 1994—1997 годах — член Учёного совета СПбФ ИРИ РАН; с 1995 — член Диссертационного совета (Д 002.200.01) СПбИИ РАН. С октября 1997 года — ведущий научный сотрудник отдела источниковедения и архива; с января 2011 — ведущий научный сотрудник группы источниковедения.
Основными научными направлениями Ю. Н. Беспятых являлись источниковедение, петербурговедение и социально-политическая история РоссииНового времени. При изучении исторических источников, истории Санкт-Петербурга и истории России он органично сочетал методы и подходы исторических и филологических научных дисциплин. Ю. Н. Беспятых был введён в научный оборот ряд переведённых на русский язык записок, дневников и мемуаров иностранных путешественников и дипломатов, которые активно используются исследователями истории Санкт-Петербурга времён Петра I и Анны Иоанновны[1][2][3].
Анциферовская премия (1998) — в номинации «Лучшие научно-исследовательские работы» за публикацию «Петербург Анны Иоанновны в иностранных описаниях»[5][6].
Беспятых Ю. Н. Россия и Финляндия во время Северной войны: диссертация … кандидата исторических наук: 07.00.02. — Л., 1980. — 222 с.
Беспятых Ю. Н. Западноевропейские источники по истории России первой четверти XVIII века Ч. Уитворт, Г. Грунд, Л. Ю. Эренмальм: диссертация … доктора исторических наук: 07.00.09. — Л., 1990. — 647 с.
Научно-популярные издания
Беспятых Ю. Н., Коваленко Г. М. Карелия при Петре I. — Петрозаводск: Карелия, 1988. — 144 с. — ISBN 5-7545-0081-5.
Монографии
Беспятых Ю. Н. История знаменитого сражения: шведская экспедиция на Архангельск в 1701 году. — Архангельск: Сев.-Зап. кн. изд-во, 1990. — 142 с. — ISBN 5-85560-167-6.
Беспятых Ю. Н. Александр Данилович Меншиков: мифы и реальность. — СПб.: Историческая иллюстрация, 2005. — 240 с. — (Библиотека Фонда памяти светлейшего князя А. Д. Меншикова). — ISBN 5-89566-055-X.
Беспятых Ю. Н. Александр Данилович Меншиков: мифы и реальность. — Изд. 2-е, доп. — СПб.: Историческая иллюстрация, 2008. — 240 с. — ISBN 978-5-89566-078-2.
Беспятых Ю. Н. Архангельск накануне и в годы Северной войны 1700—1721. — СПб.: БЛИЦ; Историческая иллюстрация, 2010. — 680 с. — ISBN 978-5-86789-410-8.
Беспятых Ю. Н. Петербургские наводнения при Петре I: краткая история. — СПб.: Историческая иллюстрация, 2012. — 151 с. — ISBN 978-5-89566-111-6.
Беспятых Ю. Н. Наводнения в Петербурге Петра I. — СПб.: Историческая иллюстрация, 2013. — 405 с. — ISBN 978-5-89566-131-4.
Петербург Анны Иоанновны в иностранных описаниях: Введение. Тексты. Комментарии / сост. Ю. Н. Беспятых. — СПб.: БЛИЦ, 1997. — 496 с. — ISBN 5-86789-029-5.
Иностранные источники по истории России первой четверти XVIII в. (Ч. Уитворт, Г. Грунд, Л. Ю. Эренмальм) = Utländska källor i Rysslands historia under första fjärdedelen av 1700-talet. — СПб.: БЛИЦ, 1998. — 480 с. — ISBN 5-86789-065-1.
Публикации исторических источников, редактор
Страленберг Ф. И. Записки капитана Филиппа Иоганна Страленберга об истории и географии Российской империи Петра Великого: Северная и восточная часть Европы и Азии / сост. Е. А. Савельева, Ю. Н. Беспятых, В. Е. Возгрин. — АН СССР. — М.—Л.: ИИ СССР, Ленинградское отд-ние, 1985. — Т. 1. — 220 с.
Страленберг Ф. И. Записки капитана Филиппа Иоганна Страленберга об истории и географии Российской империи Петра Великого: Северная и восточная часть Европы и Азии / сост. Е. А. Савельева, Ю. Н. Беспятых, В. Е. Возгрин. — АН СССР. — М.—Л.: ИИ СССР, Ленинградское отд-ние, 1986. — Т. 2. — 446 с.
Уитворт Ч. Россия в начале XVIII века: Сочинение Ч. Уитворта / перев. с англ. Н. Г. Беспятых; ред., статья и комм. Ю. Н. Беспятых. — АН СССР. — М.—Л.: ИИ СССР, Ленинградское отд-ние, 1988. — 222 с.
Грунд Г. Доклад о России в 1705—1710 годах / пер. с нижненем., статья и коммент. Ю. Н. Беспятых. — М.—СПб.: ИРИ РАН, 1992. — 247 с. — ISBN 5-201-00683-3.
Тревожные годы Архангельска 1700—1721: документы по истории Беломорья в эпоху Петра Великого / Ю. Н. Беспятых (отв. ред.), В. В. Брызгалов, П. А. Кротов. — РГО. — Архангельск, 1993. — 431 с.
Путешествие братьев Демидовых по Европе: письма и подневные Журналы, 1750—1761 годы / подг. текста Г. А. Победимовой, С. Н. Искюля; вступ. ст. Г. А. Победимовой; комм. Ю. Н. Беспятых, С. Н. Искюль, П. И. Хотеева. — М.: Индрик; Наука, 2006. — 511 с. — ISBN 5-85759-385-9.
Гетман Иван Мазепа: документы из архивов собраний Санкт-Петербурга: в 2 вып. / сост. Т. Г. Таирова-Яковлева; отв. ред. Ю. Н. Беспятых. — СПбИИ РАН; СПбГУ, Центр по изучению истории Украины. — СПб.: Изд-во СПбГУ, 2007. — Т. 1: 1687—1705 гг. — 255 с. — ISBN 978-5-288-04241-6.
Переводы
Лённрут Э. Великая роль: Король Густав III, играющий самого себя / пер. со швед. Ю. Н. Беспятых. — СПб.: БЛИЦ, 1999. — 432 с. — (Россия и северная Европа). — ISBN 5-86789-090-2.
Платен К. Стединк: Курт фон Стединк (1746—1837) — космополит, воин и дипломат при Людовике XVI, Густаве III и Екатерине Великой / пер. со швед. Ю. Н. Беспятых. — СПб.: БЛИЦ, 1999. — 511 с. — (Россия и северная Европа). — ISBN 5-86789-097-X.
Титлестад Т. Царский адмирал. Корнелиус Крюйс на службе у Петра Великого / пер. с норв. Ю. Н. Беспятых. — СПб.: БЛИЦ, 2003. — 167 с. — (Многонациональный Петербург). — ISBN 5-86789-144-5.
Базылёв Л.[пол.]. Поляки в Петербурге / пер. с польск. Ю. Н. Беспятых. — СПб.: БЛИЦ, 2003. — 447 с. — (Многонациональный Петербург). — ISBN 5-86789-108-9.
Янгфельдт Б. Шведские пути в Санкт-Петербурге: Главы из истории о шведах на берегах Невы / пер. со швед. Ю. Н. Беспятых. — Стокгольм— СПб.: Шведский институт; БЛИЦ, 2003. — 359 с. — ISBN 91-520-0767-7.
Янгфельдт Б. От варягов до Нобеля: Шведы на берегах Невы / авториз. пер. со швед. Ю. Н. Беспятых. — М.: Ломоносовъ, 2010. — 387 с. — (История. География. Этнография). — ISBN 978-5-91678-041-3.
Материалы сибирской экспедиции академика Ж.-Н. Делиля в 1740 г.: документы из архивохранилищ России и Франции = Documents sur l’expédition Sibériann de l’académicien J.-N. de L’Isle en 1740: les documents des archives de la Russie et de La France / пер. с нем., сост. и введение, комм., указатели: Ю. Н. Беспятых; отв. ред.: Н. В. Кирющенко. — СПб.: Историческая иллюстрация, 2016. — 780 с.: ил., портр., факс., карт. примечания. — ISBN 978-5-89566-175-8.
Беспятых Юрий Николаевич // Историки России. Кто есть кто в изучении отечественной истории: биобиблиографический словарь / авт.-сост. А. А. Чернобаев. — Саратов: Летопись, 1998. — С. 38. — ISBN 5-87039-103-X.
Кротов П. А. Ю. Н. Беспятых. Александр Данилович Меншиков: мифы и реальность. СПб.: Историческая иллюстрация, 2005. 240 с., ил. // Отечественная история. — М.: Наука, 2006. — № 6. — С. 209—211.