Владел древними классическими языками (еврейским, сирийским, арабским и др.) и рядом европейских языков; изучил коптский, армянский, грузинский и персидский языки. В общей сложности знал свыше 20 языков[1][2][3].
Происходил из старинного рода духовенства Тверской епархии, родился 1 (13) января 1854 в селе Кравотынь (Осташковский уезд, Тверская губерния). Его предки на протяжении нескольких поколений служили в селе Савцыно Кашинского уезда и носили фамилию Савцынских, а потом получили фамилию Болотовых. Воспитывался матерью, Марией Ивановной (урождённая Вишнякова), вышедшей замуж за вдовца, дьячка Троицкого собора в Осташкове, Василия Тимофеевича Болотова, который утонул в озере Селигер 16 ноября 1853 года, незадолго до рождения сына.
Крайняя бедность сопровождала его в году обучения, хотя как сын младшего клирика он получил право получения за казённый счёт среднего духовного образования; в 1869 году он окончил Осташковское духовное училище, а затем Тверскую духовную семинарию. Затем, в 1875 году он поступил на церковно-историческое отделение Санкт-Петербургской духовной академии, где обратил на себя особенное внимание профессоров; когда 5 марта 1878 года скончался заслуженный ординарный профессор академии И. В. Чельцов Совет академии решил не замещать его кафедры до окончания курса студентом Болотовым. В июне 1878 года он защитил кандидатскую диссертацию, а 28 октября 1879 года магистерскую диссертацию «Учение Оригена о Святой Троице», которая по отзыву И. Е. Троицкого, заслуживала докторской степени.
С 3 ноября 1879 года он занял кафедру древней церковной истории Санкт-Петербургской духовной академии, сначала в качестве доцента, затем экстраординарного (с 24 октября 1884) и ординарного (с 19 сентября 1896) профессора. С декабря 1893 года В. В. Болотов — член-корреспондентИмператорской академии наук по разряду историко-политических наук. В 1896—1897 годах он временно замещал кафедру догматического богословия и читал курс исторического изложения догматов.
За работы по церковной истории Эфиопии и Египта 7 февраля 1890 года ему была присуждена полная Макарьевская премия; 21 мая 1896 года по ходатайству профессора И. Е. Троицкого за многочисленные капитальные труды он получил степень доктора церковной истории honoris causa.
В 1898 году Болотов принимал участие в деле присоединения сиро-халдейских несториан к православию, для этой цели перевёл на сирийский язык ряд необходимых вероисповедных формул; в 1900 году он был назначен делегатом в особую комиссию при Астрономическом обществе для согласования православного календаря с западно-европейским[4]. После его смерти эту работу продолжил Дмитрий Голубинский[5].
В последние годы жизни страдал почечной и печеночной недостаточностью, развивавшейся на фоне хронического малокровия. Умер в 19:00 час. 5 (18) апреля 1900 года и был погребён на Никольском кладбище Александро-Невской лавры. Последними его словами были: «Христос идёт, Бог идёт. Иду ко Христу»[6].
Заметки к Краткой эфиопской хронике: С прил.: Новейшая история Абиссинии по Краткой хронике из собр. Азиат, музея Имп. Акад. наук / Изд. и пер. Б. А. Тураева. — СПб.: Тип. Имп. Акад. наук, 1910. — 36 с. — (Памятники эфиопской письменности; 9). — Отт. из: Визант. временник. — 1910. — Т. 17.
Заметки о селе Кравотыни. — СПб.: Тип. Меркушева, 1910. — 14 с. — Извлеч. из: Христиан, чтение. — 1910. — Апр.
К вопросу о Fllioque / С предисл. проф. А. Бриллиантова. — СПб.: Тип. Меркушева, 1914. — VI, 138 с. — Извлеч. из: Христиан. чтение.— 1913. — № 4. — С. 431—457; № 5. —С. 573—596; № 6.— С. 726—746; № 7—8. — С. 921—927; № 9. — С. 1046—1059; № 11. — С. 1289—1309; № 12. — С. 1391—1414. копия книги
К истории императора Ираклия. pdf — [СПб.]: Тип. Имп. Акад. наук. Ценз. 1908. — 57 с. — Библиогр. в примеч. — Отт. из: Визант. временник. — 1907. — Т. 14.
Лекции по древней общей церковной истории, читанные в Санкт-Петербургской Духовной Академии… в 1884/5 учеб. году. — СПб.: Печатня Григорьева, Ценз. 1885. — 247 с. — Литогр.
Лекции по общей церковной истории, читанные в 1894/5 акад. г. студентам Санкт-Петербургской Духовной Академии: 54 и 55 курсы. — [СПб., 1895]. — 432 с. — В норме загл.: Общая церковная история.
Лекции по общей церковной истории, читанные студентам 1-го и 2-го кур. Санкт-Петербургской Духовной Академии в 1888/9 учеб. г. — СПб.: Литогр. Гробовой, Ценз. 1889. — 373, 75 с.
Описание четвёртой эфиопской рукописи Библиотеки Санкт-Петербургской Духовной Академии: Codex Aethloplcus Sablerianus Membranaceus 4. — СПб.: Печатня Яковлева, 1900. — 40 с. — Извлеч. из: Протоколы Совета Академии за 1895/96 учеб. год.
Подробный конспект лекций по общей церковной истории, читанных студентам Санкт-Петербургской Духовной Академии, 1886/ 7 учеб. год. — СПб.: Типо-лит. Яздовского, 1887. — 182 с.
Следы древних месяцесловов Поместных Церквей: Appendix к этюду «Михайлов день». — СПб., 1893. — 19с. — Извлеч. из: Христиан. чтение. — 1893. — Янв. — февр.
Список статей и заметок, напечатанных в «Церковном вестнике» и «Христианском чтении» от 1880 до 1893 г. с замечаниями ad Instar retractatlonum; 2. Письмо и две записи о неоконченной работе о Рустике. — СПб.: Тип. Меркушева, 1907. — 26 с. — Извлеч. из: Христиан. чтение. — 1907.
Студенческие записи лекций по общей церковной истории, читанных студентам Санкт-Петербургской Духовной Академии в 1887—1888 уч. г. — СПб.: Типо-лит. Яздовского, [1888]. — 392 с. — Авт. установлен по каталогу Рос. нац. б-ки.
↑Матисон А. В. Священно-церковнослужительские роды Болотовых Тверской епархии // Генеалогический вестник. — 2002. — Вып. 8. — С. 56—57. — ISBN 5-94030-029-4.