С 1961 года работал в Институте атомной энергии им. И. В. Курчатова. В 1971—1978 годах являлся директором филиала института — Магнитной лаборатории АН СССР (в будущем Троицкий институт инновационных и термоядерных исследований, с 1991 года — ГНЦ РФ Троицкий институт инновационных и термоядерных исследований). Был директором Института атомной энергии, председателем Комиссии АН по работе с молодёжью, председателем Международного фонда «За выживание и развитие человечества», президентом отделения «Международного центра научной культуры — Всемирной лаборатории» в России. Работал в международной учебно-просветительской общественной организации «Академия мировых цивилизаций»[значимость факта?].
В 1972 году основал в МФТИ на факультете аэрофизики и космических исследований кафедру плазменной энергетики с базой в филиале Курчатовского института (ФИАЭ). В 1975—1976 годах организовал в МФТИ новый факультет — проблем физики и энергетики (ФПФЭ), на который переводит кафедру плазменной энергетики. В 1976—1986 годах — декан, с 1986 года — научный руководитель ФПФЭ.
Академик Велихов выступает на 10-летнем юбилее Университета города Переславля
Вице-президентАкадемии наук СССР в 1978—1991 годах и Российской академии наук в 1991—1996 годах. В 1986 году кандидатура Е. П. Велихова была выдвинута на выборах Президента АН СССР, однако по итогам выборов победу одержал Г. И. Марчук. По словам академика А. Р. Хохлова, в 1990-е годы за пост президента РАН «боролись всего два кандидата — Е. П. Велихов и Ю. С. Осипов»[11]. С 1992 года — президент, почётный президент Федерального государственного бюджетного учреждения Российский научный центр (с 2010 года — Национальный исследовательский центр) «Курчатовский институт».
С 1992 года — сопредседатель совета директоров АО «Релком»[12]. С 1992 года — президент концерна «Российская компания по освоению шельфа» (ЗАО «Росшельф»)[13][14]. В 1993 году создал российско-американское СП БДМ по торговле патентами и лицензиями из России.
В 2009 году избран Председателем совета ИТЭР[15]. С 2010 года — член Консультативного научного Совета Фонда «Сколково».
По первоначальной информации ряда СМИ, Велихов умер в турецком городе Мерсин[19], куда прибыл на строительство атомной электростанции «Аккую»[20]. По сообщениям других СМИ, учёный ушёл из жизни в Москве[21][22][23][24][25]. Президент Курчатовского института Михаил Ковальчук отрицал смерть в Турции и заявил, что учёный скончался в Москве[26].
Михаил Ковальчук заявил, что в русскую Википедию были внесены ложные данные, и попросил сотрудников пресс-службы внести коррективы в статью и записать местом смерти Москву[27]. Затем РКН потребовал от "Википедии" удалить информацию о Велихове, назвав информацию о смерти в Мерсине неверной[28]. Позже российские СМИ сообщили, что в Википедии удалили графу «место смерти» Велихова[29][30].
Источник издания Газета.ру в окружении Велихова сообщил, что Велихов перед смертью не покидал Москву, а в 2024 году его даже не возили на дачу[18].
Похороны
Прощание с Евгением Велиховым прошло 9 декабря 2024 года в Доме учёных имени А. П. Александрова НИЦ «Курчатовский институт». В числе тех, кто приехал проститься, были президент НИЦ «Курчатовский институт» Михаил Ковальчук, директор НИЦ Марат Камболов, академики РАН Владислав Панченко и Сергей Алдошин. Было совершено отпевание по православному обряду, военный оркестр исполнил марши и государственный гимн, был дан оружейный салют.
Орден «За заслуги перед Отечеством» I степени (2 февраля 2015 года) — за большой вклад в развитие отечественной науки и многолетнюю общественную деятельность[38]
Орден «За заслуги перед Отечеством» II степени (2 февраля 2005 года) — за большой вклад в развитие атомной энергетики и многолетнюю плодотворную научную деятельность[39]
Орден «За заслуги перед Отечеством» III степени (17 августа 2000 года) — за заслуги перед государством, многолетний добросовестный труд и большой вклад в укрепление дружбы и сотрудничества между народами[40]
Орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени (25 января 2010 года) — за выдающийся вклад в развитие отечественной науки и многолетнюю плодотворную деятельность[41]
Орден Александра Невского (5 февраля 2024 года) — за большой вклад в развитие отечественной науки, многолетнюю плодотворную деятельность и в связи с 300-летием со дня основания Российской академии наук[42]
Орден Мужества (12 марта 1997 года) — за мужество и самоотверженность, проявленные при ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС[43]
Орден Дружбы (2 мая 2012 года) — за достигнутые трудовые успехи и многолетнюю добросовестную работу[44]
Медаль «За веру и добро» (1 февраля 2006 года) — за многолетнюю плодотворную работу, высокий профессионализм, значительный вклад в социально-экономическое развитие области[45]
Орден «За заслуги» III степени (Украина, 26 апреля 2011 года) — за значительный личный вклад в преодоление последствий Чернобыльской катастрофы, реализацию международных гуманитарных программ, многолетнюю плодотворную общественную деятельность[46]
Благодарность Президента Российской Федерации (23 апреля 2008 года) — за информационное обеспечение и активную общественную деятельность по развитию гражданского общества в Российской Федерации[48].
Богуненко Н. Н., Пелипенко А. Д., Соснин Г. А.Велихов Евгений Павлович // Герои атомного проекта. — Саров: Росатом, 2005. — С. 86—87. — ISBN 5-9515-0005-2.
Храмов Ю. А. Велихов Евгений Павлович // Физики : Биографический справочник / Под ред. А. И. Ахиезера. — Изд. 2-е, испр. и доп. — М. : Наука, 1983. — С. 59. — 400 с. — 200 000 экз.