Клуб основан 22 января 1995 года, основой послужил состав команды из деревни Махулинце. Со времени основания клуба до 2004 года «ВиОн» выступал в различных непрофессиональных соревнованиях в Словакии. С 2004 по 2007 год выступал во втором дивизионе Словакии. В сезоне 2007/08 получил право дебютировать в Высшей лиге чемпионата Словакии.
В сезоне 2006/07 клуб завоевал Кубок Словакии, в финале победив ФК «Сенец» из города Сенец (4:0). Благодаря этой победе, в сезоне 2007/08 «ВиОн» дебютировал в еврокубках (Кубок УЕФА), где прошёл первый квалификационный раунд, обыграв по сумме двух встреч казахстанский клуб «Алма-Ата» (4:2).
