2 апреля 1993 г. президент Казахстана Нурсултан Назарбаев подписал указ «О создании Военно-морских сил Республики Казахстан». В отдельный вид вооружённых сил ВМС были выделены указом Президента РК от 7 мая 2003 года № 1085.
В 1999 году из Турции был получен один патрульный катер типа AB-25 «Тюрк» «Актобе». Списан.
В 2001 году из Турции был получен ещё один патрульный катер AB-25 «Тюрк» постройки 1970 года — «Найзагай», который сгорел в том же году по неосторожности личного состава.
17 февраля 2003 г. министр обороны Казахстана М. Алтынбаев заявил о необходимости «обеспечить безопасность нефтеносных районов на Каспии».
В 2006 году из Южной Кореи были получены три артиллерийских катера — «Шапшаң», «Батыр» и «Ізет» типа «Чамсури»[англ.] (Sea Dolphin), но ввиду технического состояния не несли фактически боевую службу. Все катера в 2014 году списаны.
К военно-учебным заведениям относился Актауский военно-морской институт, который готовил специалистов по трём специальностям: «штурман», «электрики-дизелисты», «радиотехническое вооружение и связь». Институт был закрыт в 2011 году.
Задачи ВМС РК
Основные задачи Военно-морских сил Казахстана:
Защита неприкосновенности государственной границы, территориальной целостности, суверенитета и экономических интересов Республики Казахстан в казахстанском секторе Каспийского моря.
Охрана и оборона водных районов, включая портовые зоны, а также платформы и искусственные острова с размещенными на них объектами нефтегазодобычи.
Ведение противоподводно-диверсионной обороны.
Обеспечение с моря действий Сухопутных войск, обеспечение высадки морского десанта, перевозки войск и материальных средств, траление морских мин.
Ведение разведывательных действий, включая радиолокационное наблюдение в море в интересах ПВО страны.
Выполнение с военно-морскими силами прикаспийских государств задач по совместной обороне в соответствии с международными договорами.
Проводка нефтеналивных судов (танкеров) и других гражданских судов.
Навигационно-гидрографическое обеспечение безопасности мореплавания.
Осуществление поисково-спасательных работ на море во взаимодействии с Министерством по чрезвычайным ситуациям Республики Казахстан.
Отработка учебно-боевых задач совместно с соединениями и частями Вооруженных Сил, других войск и воинских формирований Республики Казахстан.
Подготовка военно-морских специалистов на базе Военно-Морского института МО РК.
Оказание помощи государственным органам Республики Казахстан при осуществлении ими природоохранных и контрольных функций, а также при ликвидации последствий экологических бедствий и катастроф на море.
Построен на ОАО «Средне-Невский судостроительный завод». Заказан в 2013 году. Закладка 31 июля 2014 года. Спуск на воду 30.10.2015 г. Поставка планируется в 2016 г. по контракту передача планировалась на 3-й квартал 2015 года — задержка на год.
30 марта 2017 года состоялась официальная церемония передачи рейдового тральщика «Алатау» проекта 10750Э ВМС Республики Казахстан. 1 июня 2017 года в Актау на корабле был торжественно поднят военно-морской флаг.
Б/Н 101, Судно построено на заводе «Зенит» г. Уральск. Спецсудно предназначено для борьбы с противодиверсионными силами, а также для защиты портов, причалов и нефтяных платформ. Спуск на воду 12 июня 2016 г. Поднятие флага 17 августа 2017 года[10]
Указ Президента Республики Казахстан № 1085 от 7 мая2003 года «О мерах по дальнейшему совершенствованию структуры Вооруженных Сил Республики Казахстан»
