Карта доминирующих гаплогрупп Y-хромосомы в доколониальных мировых популяциях
Генетическая история индейцев позволяет дополнить данные лингвистики и археологии. Подтверждение находит гипотеза о первоначальном заселении Америки из Сибири через Берингов пролив. На это указывают исследования митохондриальной ДНК, выделенной из зуба девочки-подростка, жившей 12 тыс. лет назад на территории Мексики[1][неавторитетный источник].
Данные генетического анализа позволяли делать предположение о контактах между полинезийцами и бразильскими индейцами ботокудо[5][неавторитетный источник], но выявленная в костных останках двух бразильских ботокудов XIX века митохондриальная гаплогруппа B4a1a1[6] характерна для Мадагаскара, где достигает 20%. Скорее всего, женщины-рабыни из Мадагаскара были похищены индейцами или сбежали от рабовладельцев и нашли убежище у ботокудо, что создало условия для интрогрессии их мтДНК в ДНК индейского населения[7].