Преподавал историю России в Павловском женском институте (1866—1872), в Александровском лицее (1867—1872). В 1869 году — ассистент профессора К. Н. Бестужева-Рюмина в Санкт- Петербургском историко-филологическом институте. После защиты магистерской диссертации «Царствование Федора Алексеевича» в 1871 году был назначен профессором русской истории в том же институте и доцентом Петербургского университета, где, вслед за получением степени доктора за свою диссертацию «Герберштейн и его историко-географические известия о России» (1884), стал ординарным профессором. В 1880—1890 годах преподавал русскую историю великим князьям Николаю Александровичу (будущему императору Николаю II) и Георгию Александровичу.
Курс русской истории, который читал Замысловский в университете и в институте, отличался подробным изложением фактических данных и в распределении материала следовал системе, принятой К. Н. Бестужевым-Рюминым в его «Русской истории». Под редакцией Замысловского выходила «История российских орденов» (изд. капитула орденов). Известен также составлением «Учебного атласа по русской истории», который вышел тремя изданиями (1865, 1869 и 1885 гг.). Наконец, под его же редакцией изданы: «Летопись занятий Археографической комиссии» (СПб., 1871—1877 гг., три выпуска) и «История российских орденов».
Учебный атлас по русской истории / составлен и издан под редакцией проф. Е. Замысловского. — Издание 3-е. — Санкт-Петербург : издание Картографического заведения А. Ильина, 1887. — [2] с., 22 л. карт.
Биографический словарь профессоров и преподавателей Императорского СПб. университета за истекшую третью четверть века его существования (1869—1894). Т. 1. СПб., 1896;
