Работал в органах государственной безопасности СССР и РСФСР (1970—1992). В 1970—1986 годах работал в Управлении КГБ по Тюменской области: оперуполномоченный, начальник Нижневартовского городского отдела, заместитель начальника Управления[2].
В 1986—1991 годах — старший инспектор, начальник отдела, с середины 1990 — заместитель начальника инспекторского управления КГБ СССР[2].
С мая 1991 года — и. о. председателя[4], а с 5 августа по 26 ноября 1991 года — председатель воссозданного КГБ РСФСР[5][6].
26 ноября 1991 года президент России Борис Ельцин издал указ о преобразовании КГБ РСФСР в Агентство федеральной безопасности РСФСР (АФБ)[6]. Генеральным директором этого агентства — министром РСФСР был назначен Виктор Иваненко[7]. В январе 1992 года освобождён от должности[8] и вскоре уволен из органов госбезопасности «по сокращению штатов»[2][9] после того, как на заседании Конституционного суда РСФСР выступил против объединения АФБ и МВД в МБВД[10] (в итоге суд отменил указ президента Ельцина о создании МБВД)
«в мае месяце был создан Комитет государственной безопасности России, и генерал Иваненко, который все трое суток непрерывно находился в Белом доме в моем кабинете, и мы эту работу вместе делали, он сумел за этот срок самым оперативным образом добиться явного раскола в профессиональной, политической и жизненной позиции большинства сотрудников КГБ, как генерального советского офиса, так и в регионах» [13]
Советник президента Ельцина Сергей Станкевич вспоминал о его роли во время защиты Белого дома в дни ГКЧП:
ключевым членом штаба стал председатель КГБ РСФСР Виктор Иваненко... Когда вставала та или иная оперативная проблема, мы шли к Иваненко. Он быстро определял, на какие структуры или органы надо выйти для решения проблемы, находил там своих знакомых, и вскоре проблема решалась... Иваненко был удивительно эффективен. Благодаря ему мы точно знали, какие части введены в город, где они размещены и какие им поставлены задачи. Мы даже знали состав оперативного штаба, созданного ГКЧП для контроля за обстановкой в Москве. По каналам Иваненко мы получали и сведения о готовящемся штурме Белого дома"[14].
С апреля 1993 по октябрь 1998 года вице-президент, первый вице-президент, заместитель председателя правления АО «Нефтяная компания „ЮКОС“»[2]. 27 февраля 1998 года утверждён членом объединённого правления ЮКОСа и холдинга «Роспром»[16]. В одних газетных публикациях указывалось, что Иваненко возглавлял лоббистскую деятельность ЮКОСа в госструктурах[17], в других, что Иваненко возглавлял службу безопасности ЮКОСа[18].
В 2002 году, когда ЮКОС частично раскрыл структуру собственности, стало известно, что Иваненко владеет 0,9 % акций Group MENATEP, которые оценивались в 110 млн долларов. В связи с этим Иваненко назывался самым богатым из бывших сотрудников спецслужб[19].
На выборах в Госдуму в 1999 году входил в список кандидатов в депутаты от избирательного блока «Отечество — Вся Россия»[20]. В декларации кандидата Иваненко был указан совокупный годовой доход 1 633 063 рублей и дом 814 м² в Московской области.
С октября 1998 по октябрь 1999 года — советник министра Российской Федерации по налогам и сборам[2].
С января 2000 по февраль 2004 года — вице-президент Фонда развития парламентаризма в России[2]. По мнению Владимира Милова, Фонд развития парламентаризма занимался подкупом депутатов Государственной думы в интересах ЮКОСа[21].
С 2003 года — председатель Совета директоров Арктической торгово-транспортной компании[2].
«Надо, чтобы общество захотело осуществлять общественный контроль и получило для этого возможность. Следует сделать хотя бы первый шаг, скажем, предоставить Госдуме право на парламентские расследования деятельности спецслужб. Будет создан прецедент, появится опыт. В 1991 году такая попытка была, я уже говорил о депутатской Комиссии по рассмотрению кадрового резерва КГБ. В развитых странах парламентский контроль за работой спецслужб — естественная норма»[10].
.svg){kind=small}
,_Emblem_of_Russia_(1991%E2%80%931992).svg){kind=small}
.svg){kind=small}
