Институт был основан в 1963 году в результате реорганизации Института биологии АН БССР и первоначально назывался Институт экспериментальной ботаники и микробиологии Академии наук Белорусской ССР.
В 1966 году отдел микробиологии был выделен из состава института в самостоятельное учреждение. В 1972 году в состав Отделения физиологии и систематики низших растений АН БССР вошли три лаборатории Института экспериментальной ботаники АН БССР, учреждению было присвоено имя Василия Купревича.
Институт экспериментальной ботаники имени В. Ф. Купревича Национальной академии наук Белоруссии с момента основания входит в состав Отделения биологических наук.
Основные направления исследований
научные основы воспроизводства, рационального использования и охраны лесных и других биологических ресурсов;
прогнозирование изменений природной среды, методология рационального природопользования и охраны окружающей среды;
методы мониторинга окружающей среды, прогнозирования и предупреждения чрезвычайных ситуаций техногенного и природного характера;
получение новых конкурентоспособных и биологически ценных видов продовольствия;
молекулярная биология, биотехнология для сельского хозяйства и охраны окружающей среды;
исследование физиологических и биохимических механизмов формирования продуктивности и устойчивости растений;
охрана и эффективное использование биологических ресурсов;
технологии мониторинга и прогнозирования состояния окружающей среды;
технологии реабилитации нарушенных природно-растительных комплексов;
Национальная академия наук Беларуси: 1929—1999 / Под науч. ред. Н. А. Борисевича, А. П. Войтовича. — Мн.: Беларуская навука, 1998. — С. 196—198. — ISBN 985080278-2