Турнир состоял из 9 этапов, начиная с 1/256 финала. Команды были распределены по заранее составленной сетке кубка[1] жребием с учётом географического положения. В стартовых матчах хозяева полей определялись жребием (команды высшего дивизиона начинали турнир с 1/16 финала выездными матчами и были заранее распределены по сетке кубка[1] жребием[2]), на последующих стадиях — разностью выездных и домашних матчей (при равенстве преимущество получала команда с большим числом выездов)[2].
На всех этапах победитель определялся по итогам одного матча. В случае ничьей назначалось дополнительное время (2 тайма по 15 минут), если и оно не выявляло победителя, назначалась серия послематчевых пенальти[2].
Помимо 16 команд высшего дивизиона, 22 команд первого дивизиона, участвовали также 116 команд второго дивизиона (117 — включая фигурировавовшую в сетке кубка команду «Альянс» (Анапа), которая во втором дивизионе не сыграла, не сыграла она и в матче 1/256 финала против анапского «Спартака», который с 1998 года стал носить названием «Анапа»)[1][2].
Приведены все части сетки. В заголовке каждой части указана команда высшего дивизиона, на которую выходил победитель матча 1/32 финала. Звёздочкой отмечены команды первого дивизиона.
Крылья Советов
1/256 финала
1/128 финала
1/64 финала
1/32 финала
* Спартак (Нальчик)
Иристон
Автодор
Моздок
Кавказкабель
Бештау
Автозапчасть
Волгарь-Газпром
Динамо (Махачкала)
Локомотив-Тайм
Торпедо (Георгиевск)
Нарт (Нарткала)
Ангушт
* Анжи
Ротор
1/256 финала
1/128 финала
1/64 финала
1/32 финала
* Дружба (Майкоп)
Кубань (Славянск-на-Кубани)
Нива (Славянск-на-Кубани)
* Кубань (Краснодар)
Спартак (Анапа)
Альянс (Анапа)
Металлург (Красный Сулин)
Торпедо (Таганрог)
Шахтёр (Шахты)
Венец
* Динамо (Ставрополь)
Нарт (Черкесск)
0
Торпедо (Армавир)
Торпедо-Лужники
1/128 финала
1/64 финала
1/32 финала
Локомотив (Калуга)
Московский-Селятино
Авангард
Орёл
Дон
* Факел
Красногвардеец
-
* Арсенал
Локомотив
1/128 финала
1/64 финала
1/32 финала
Асмарал
Локомотив (Лиски)
Спартак (Брянск)
Салют-ЮКОС
Луч (Тула)
* Металлург (Липецк)
Гигант (Воскресенск)
Динамо (Брянск)
Динамо
1/128 финала
1/64 финала
1/32 финала
Волочанин
* Локомотив (СПб)
Нефтяник (Ярославль)
Динамо (Вологда)
Монолит
Торпедо-ЗИЛ
Спортакадемклуб
Химки
Алания
1/128 финала
1/64 финала
1/32 финала
Машиностроитель (Псков)
Динамо (СПб)
Энергия (Великие Луки)
Волга (Тверь)
Фабус
Спартак (Щёлково)
Спартак (Луховицы)
Спартак (Рязань)
Черноморец
1/128 финала
1/64 финала
1/32 финала
Коломна
* Сатурн
Космос
Автомобилист
Спартак (Кострома)
Текстильщик (Иваново)
Спартак-Телеком
Торпедо-Виктория
Тюмень
1/128 финала
1/64 финала
1/32 финала
Торпедо (Владимир)
Мосэнерго
Химик (Дзержинск)
Торпедо (Павлово)
Торгмаш
Спартак-Орехово
Титан
* ЦСК ВВС-Кристалл
Жемчужина
1/128 финала
1/64 финала
1/32 финала
Энергетик
* Локомотив-Спортсмен
Биохимик-Мордовия
Торпедо (Арзамас)
Прогресс
* Нефтехимик
Дружба (Йошкар-Ола)
* Рубин
Зенит
1/128 финала
1/64 финала
1/32 финала
Нефтяник (Похвистнево)
* Лада-Тольятти-ВАЗ
Салют (Саратов)
Торпедо (Волжский)
Искра (Энгельс)
Энергия (Камышин)
Балаково
* Сокол-ПЖД
Ростсельмаш
1/128 финала
1/64 финала
1/32 финала
Энергия (Ульяновск)
* Лада-Град
Диана (Волжск)
Волга (Ульяновск)
Строитель (Моршанск)
Спартак (Тамбов)
Зенит (Пенза)
Светотехника
Спартак
1/128 финала
1/64 финала
1/32 финала
Динамо (Пермь)
Амкар
Зенит (Ижевск)
* Газовик-Газпром
Газовик (Оренбург)
Содовик
Энергия (Чайковский)
* КАМАЗ-Чаллы
ЦСКА
1/128 финала
1/64 финала
1/32 финала
Селенга
* Локомотив (Чита)
Горняк (Райчихинск)
Амур-Энергия
Ангара
СКА (Хабаровск)
Луч (Владивосток)
Океан
Уралан
1/128 финала
1/64 финала
1/32 финала
Сибиряк
Звезда (Иркутск)
Металлург (Красноярск)
Виктория (Назарово)
Междуреченск
Металлург (Новокузнецк)
Кузбасс
* Томь
Шинник
1/128 финала
1/64 финала
1/32 финала
Чкаловец
Заря (Ленинск-Кузнецкий)
Торпедо (Рубцовск)
Динамо (Барнаул)
Иртыш (Тобольск)
Самотлор-XXI
Динамо (Омск)
* Иртыш (Омск)
Балтика
1/128 финала
1/64 финала
1/32 финала
Уралец
Уралмаш
Трубник
Сибирь (Курган)
Зенит (Челябинск)
УралАЗ
Магнитка
Носта
Примечания.
Названия команд приведены в соответствии с названиями, фигурировавшими в сетке до начала турнира. К началу выступления в турнире команда «Луч» (Тула) была переименована в «Арсенал»-2, команда «Спартак» (Анапа) была переименована в «Анапу», команда «Машиностроитель» (Псков) была переименована в «Псков», команда «Торпедо-Лужники» (Москва) была переименована в «Торпедо». Команды «Локомотив» (Нижний Новгород) и «Краснознаменск-Селятино» в сетке обозначены как «Локомотив-Спортсмен» и «Московский-Селятино», соответственно.