КУКУЙ — деревня бывшая владельческая при реке Пчёвже, дворов — 45, жителей — 230; Часовня, три лавки, постоялый двор[4]. (1885 год)
В конце XIX века деревня административно относилась к Васильковской волости 1-го стана, в начале XX века — Васильковской волости 4-го стана 3-го земского участка Тихвинского уездаНовгородской губернии.
Согласно карте Ленинградской области Северо-западного аэрогеодезического треста ГГУ издания 1932 года деревня насчитывала 47 крестьянских дворов. В деревне находилась почтово-телеграфная контора[8].
По данным 1933 года деревня Кукуй являлась административным центром Кукуйского сельсовета Киришского района, в который входили 8 населённых пунктов: деревни Авдетово, Карнач, Кукуй, Новая, Новоселье, Отрада, Солоницы, Хотицы, общей численностью населения 1240 человек[9]
По данным 1936 года в состав Кукуйского сельсовета входили 8 населённых пунктов, 231 хозяйство и 7 колхозов[10].
В 1939 году население деревни Кукуй составляло 518 человек. Согласно переписи населения СССР 1939 года в деревне Кукуй проживали 217 мужчин и 274 женщины, всего 491 человек. Ещё 23 человека переехали в деревню с выселка Варнач и 6 человек с выселка Ключи Счастья. Всего 518 жителей[11].
С 1963 года в составе Волховского района.
С 1965 года вновь в составе Киришского района. В 1965 году население деревни Кукуй составляло 226 человек[7].
По данным 1966 и 1973 годов деревня Кукуй также входила в состав Кукуйского сельсовета и являлась его административным центром[12][13].
По данным 1990 года деревня Кукуй являлась административным центром Кукуйского сельсовета, в который входили 9 населённых пунктов общей численностью населения 590 человек. В самой деревне проживали 185 человек[14].
В 1997 году в деревне Кукуй Кукуйской волости проживал 131 человек, в 2002 году — 118 (русские — 99 %)[15][16].
В 2007 году в деревне Кукуй Будогощского ГП проживали 134 человека, в 2010 году — 110[17][18].