Святой Троицы (Švč. Trejybės, Św. Trójcy), ныне Храм Милосердия Божия (Dievo Gailestingumo šventovė); деревянная XVI; с 1821 православная Благовещенская церковь, перестройка в 1846—1848 (ул. Доминикону 12)
Вознесения Св. Девы Марии (Švč. M. Marijos Ėmimo į Dangų (pranciškonų konventualų), Wniebowzięcia najświętszej Marii Panny (franciszkanów, na Piaskach)) и францисканский монастырь, заложенный наместником Ольгерда Гаштольдом в 1387, в 1390 сожжён крестоносцами, в начале XV новый, пожар 1533, в 1773—1780 отстроен в нынешнем виде, в 1864 костёл и монастырь закрыты, в 1872—1876 монастырь приспособлен под архив (ул. Траку 9/1)
Святого Георгия (Šv. Jurgio, Św. Jerzego), кармелитский, 1506, в 1755 перестройка, рококо; в советское время Книжная палата; дал название Георгиевскому проспекту (ныне Гедимино)
Святого Игнатия (Šv. Ignoto, Św. Ignacego Loyoli), иезуитский, 1622—1647, монастырь; с 1798 в помещении монастыря и новициата казармы, ныне Техническая библиотека (ул. Шв. Игното 6); в 1869 костёл переоборудован под офицерское собрание; восстановлен в 1926—1929, барокко (ул. Шв. Игното 6)
Святого Креста (бонифратров, Šv. Kryžiaus (bonifratrų), Św. Krzyża (bonifratrów)), с 1635 на месте прежнего, монастырь бонифратров, пожар 1737, в 1843 монастырь закрыт; в советское время концертный Малый зал барокко; площадь Даукантаса
Св. Иосифа Возлюбленного и монастырь босых кармелитов, 1638; разобран в 1876
Сердца Иисусова, Serca Jezusa, железобетонный, проект Антония Вивульского, строительство начато в 1913, не завершено; на месте незавершенного костёла был построен Дворец строителей
Господа Иисуса, Viešpaties Jėzaus, Pana Jezusa, 1694—1717, тринитариев, монастырь; французы ограбили в 1812, в 1864 перестроен в церковь Св. Михаила Архангела; на Антоколе
Евангелико-реформатская церковьЕвангелико-лютеранская церковь
Храм евангелико-лютеранский (Ewangelicko-Luterański, Evangelikų liuteronų) XVI—XVIII веков на улице Немецкой (ул. Вокечю 5); построен на месте неоднократно горевшего деревянного, заложенного в 1555 году; в советское время мастерские скульпторов, с 1954 года реставрационные мастерские.[3]
Мечети
Татарская деревянная мечеть на Лукишках (на углу прежних улиц Лукишской и Магометанского переулка), построенная во второй половине XIX века на месте, где была мечеть с XV века, была разрушена в советский период в 1962 году.[4]. Прежняя мечеть изображена на гравюре Юзефа Озембловского1830 года.
Караимскаякенасса на Зверинце (Жверинас). Строительство было начато в 1911 году по проекту архитектора Михаила Прозорова. Первая мировая война прервала отделочные работы, возобновлённые в 1921 году. 9 сентября1923 года освящена. В 1949 году была закрыта советскими властями, здание национализировано. В 1989 году здание было возвращено караимской религиозной общине. По завершении ремонта в 1993 году освящена.