В плей-офф команды играли друг против друга два матча: дома и на выезде, за исключением финала. Жеребьевка 1/8 финала состоялась 20 декабря2012 года. Результаты проведённой накануне репетиции жеребьёвки полностью совпали с реальными результатами, вероятность чего была крайне мала[1]. Жеребьёвка четвертьфиналов состоялась 15 марта2013 года. Жеребьёвка полуфиналов и определение номинального хозяина в финале прошла 12 апреля2013 года.
При жеребьевке 1/8 финала восемь победителей групп были сеяными, а восемь команд, занявшие вторые места, были несеяными. На этой стадии команды из одной группы или одной страны были разведены. Начиная с 1/4 финала, команды из одной группы или страны смогут сыграть друг с другом.