Система классификации Торна (1992) обозначила данный порядок как составную часть надпорядка Magnolianae, подкласса манголиидов (Magnoliidae) и использует следующую классификацию:
В Системе классификации Энглера (1964) порядок размещен в подклассе Archychlamydeae класса двудольных (Dicotyledoneae) и перечислила следующие семейства:
По современной версии APG IV (2016) порядок Магнолиецветные включен в дочернюю кладу Магнолииды клады Цветковые растения и содержит 6 семейств, 136 родов и 3 429 видов растений:
Семейство Анноновые (Annonaceae) - 110 родов, 2 535 видов
Семейство Дегенериевые (Degeneriaceae), монотипное, с 1 родом и 2 видами
Семейство Эвпоматиевые (Eupomatiaceae), монотипное, с 1 родом и 3 видами
Семейство Гимантандровые (Himantandraceae), монотипное, с 1 родом и 1 видом
Семейство Магнолиевые (Magnoliaceae) - 2 рода, 357 видов
Семейство Мускатниковые (Myristicaceae) - 21 род, 531 вид
The Angiosperm Phylogeny Group (2016). An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV : [англ.] // Botanical Journal of the Linnean Society. — 2016. — Vol. 181, no. 1 (24 March). — P. 1—20. — doi:10.1111/boj.12385.
The Angiosperm Phylogeny Group (2009). An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III : [англ.] // Botanical Journal of the Linnean Society. — 2009. — Vol. 161, no. 2 (19 October). — P. 105–121. — doi:10.1111/j.1095-8339.2009.00996.x.
The Angiosperm Phylogeny Group (2003). An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG II : [англ.] // Botanical Journal of the Linnean Society. — 2003. — Vol. 141, no. 4 (28 March). — P. 399–436. — doi:10.1046/j.1095-8339.2003.t01-1-00158.x.
Мужской цветок амбореллы волосистоножковой (Amborella trichopoda) — одного из наиболее примитивных современных представителей цветковых растений Цветковые растения