18 мая 1994 года назначен настоятелем того же храма, после чего под его руководством храм стал интенсивно реставрироваться[5] при помощи прихожан и жертвователей[1] В течение нескольких лет в храме были проведена реставрация настенной живописи (палехской иконописной школы начала XIX века). Благодаря активности настоятеля и прихожан храм Святителя Василия Великого в период с 1994 по 2010 года был первым по численности прихожан и вторым по статусу храмом Суздальской епархии РПЦЗ, а затем РПАЦ, куда Аркадий Маковецкий перешёл вслед за Валентином (Русанцовым). В храме не только совершались регулярные уставные богослужения, но и проводились различные мероприятия Суздальской епархии. Так, в мае 1995 года настоятель и прихожане храма Святителя Василия Великого принимали делегацию из Америки во главе с иерархом РПЦЗ, епископом Григорием (Граббе). В июле 1998 года в храме проводились выездные заседания съезда духовенства и верующих Российской православной свободной церкви. Практически все зарубежные паломники, приезжавшие в Суздальскую епархию, обязательно посещали храм и участвовали в богослужениях[5]. В 2001 году назначен благочинным Суздальского округа РПАЦ[6].
Не ограничиваясь только приходской деятельностью, занимался преподавательской и научной работой. В 1996—2006 годы — преподаватель гуманитарного факультета Владимирского государственного университета[2], где преподавал дисциплины, связанные с историей религии и православной культурой[6]. В 2007 году на философском факультете Санкт-Петербургского государственного университета под научным руководством доктора философских наук, профессора Татьяны Чумаковой защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата философских наук по теме «Русская православная церковь заграницей: этап возникновения и организационного оформления: 1920—1940 гг.» (специальность 09.00.13 — «Религиоведение, философская антропология, философия культуры»); официальные оппоненты — доктор философских наук А. В. Малинов и кандидат философских наук Е. В. Денисова; ведущая организация — Владимирский государственный университет[7]. Данная диссертация в переработанном виде вышла в виде книги «Белая Церковь вдали от атеистического террора: история Русской православной зарубежной церкви»[1].
Серьёзные разногласия между настоятелем храма протоиереем Аркадием Маковецким и руководством Суздальской епархии РПАЦ появились после установления 17 мая 2007 года евхаристического общения между Архиерейским синодом РПЦЗ и Московским патриархатом, что было сочувственно встречено протоиереем Аркадием Маковецкий, но негативно воспринималось руководителями РПАЦ[5]. В 2009 году разногласия ещё более усугубились в связи с тем, что митрополит Валентин (Русанцов) потребовал от настоятелей всех сельских храмов этой юрисдикции в Суздальском районе демонтировать внутреннее убранство храмов и привезти всё движимое имущество в помещения Суздальского епархиального управления. Собрание прихожан храма Святителя Василия Великого постановило храм не разорять и уполномочило настоятеля обратиться к архиепископу Евлогию с просьбой о принятии через покаяние в состав Владимирской епархии Московского патриархата. Первая встреча архиепископа Евлогия и протоиерея Аркадия Маковецкого состоялась во Владимирском епархиальном управлении 1 июня 2010 года, в результате архиепископ Евлогий получил приглашение посетить храм Святителя Василия Великого и встретиться с прихожанами. Первая встреча архиепископа Евлогия и прихожан произошла в храме 19 сентября 2010 года. Со стороны прихода в ней участвовало около 130 человек. Прихожане задавали архиепископу Евлогию вопросы преимущественно догматического характера. Вместе с приходом храма Святителя Василия Великого во Владимирскую епархию пожелали перейти со своими прихожанами из Суздаля ещё два священника РПАЦ Алексей Чесноков и Андрей Смирнов, также прибывшие на встречу с архиепископом Евлогием. Было решено принять Аркадия Маковецкого в клир Владимирской епархии в сане священника[8], что сам он официально подтвердил журналистам 13 октября 2010 года[4], но при этом без полученных в РПАЦ иерархических наград. Присоединение к Церкви, выразившееся в общей исповеди прихожан и причащении от единой чаши, совершил духовник Владимирской епархии протоиерей Василий Войнаков в праздник Покрова Пресвятой Богородицы, 14 октября 2010 года[5].
18 марта 2019 года на заседании миссионерского отдела Владимирской епархии по инициативе митрополита Владимирского и Суздальского Тихона был образован Антисектантский центр[10]. Аркадий Маковецкий так пояснил суть его работы:
«Нет никакой конфронтации, войны, агрессии против них. Просто мы должны знать, кто нас окружает. Очень часто к нам обращаются люди, которые там побывали, или дети у них там оказались. И они просят помощи, чтобы своих близких переубедить, вернуть в семью. А мы, не зная особенностей этих учений, направлений, не можем им конкретно ничем помочь»[11].
6 апреля 2021 года в докторском диссертационном совете Общецерковной аспирантуры и докторантуры имени святых Кирилла и Мефодия защитил диссертацию «Русская Православная Церковь заграницей: этап возникновения и организационного оформления её приходов на канонической территории Русской Православной Церкви и их объединение с Матерью-Церковью (1990—2007 гг.)» (научный руководитель — доктор исторических наук Михаил Шкаровский)[12][13].
Публикации
монографии
Белая Церковь вдали от атеистического террора : история Русской Православной Зарубежной Церкви. — СПб.: Питер, 2009. — 315 с. — 2000 экз. — ISBN 978-5-49807-400-9.
Гуманитарные проблемы в работе Русской Православной Церкви за границей // Гуманизация и гуманитаризация образования в вузе: материалы региональной научно-методической конференции, 10-11 апреля 2002 г. — Владимир, 2003. — С. 50—51
РПЦЗ и советские военнопленные в 1941—1945 гг // Научное наследие академика Л. В. Черепнина и российская история в средние века и новое время во всемирном историческом процессе. Материалы всероссийской научной конференции. — Рязань, 2006.
Морально-этические идеи основателя РПЦЗ митрополита Антония (Храповицкого)// История идей и история общества Тезисы всероссийской научной конференции Нижневартовск, 2006.
Канонизация новомучеников, служивших во Владимиро-Шуйской епархии Русской Православной Церковью за границей // Материалы областной краеведческой конференции Владимир, 2006 — 0,3 п л
Принципы ведения межконфессионального диалога на примере РПЦ МП и РПЦЗ // Формирование установок толерантного сознания и проблемы межконфессионального диалога Материалы областной научно-практической конференции Владимир, 2006.
Переписка иерархов РПЦЗ в период ее становления (анализ новых документов из фонда Архиерейского Синода РПЦЗ) // Первая мировая война поиски новых подходов к исследованию, приглашение к диалогу. Материалы научно-практической конференции. — Саратов, 2006.
Противоречие центра и провинции РПЦЗ и ее отношение к новому календарному стилю в Богослужении РПЦЗ и се отношение к экуменическому движению // Российская провинция в становлении и развитии государственности в изменяющихся условиях Материалы научно-практической конференции. — Кострома, 2006.
Временное Высшее Церковное Управление (ВВЦУ) на юго-востоке России и его преобразование во Временное церковное управление (ВЦУ) заграницей (май 1919 — декабрь 1920гг) // Вестник Поморского университета Серия гуманитарные и социальные науки. — Архангельск, 2006. — № 8.
Переписка архиепископа Евлогия (Смирнова) с монахом Валентином (Русанцовым) (1991—2008 гг.) // Церковно-исторический вестник. — М. : Общество любителей церковной истории, 2011—2012. — № 18/19 — С. 39-52
Каноническая оценка деятельности Архиерейского Синода РПЦЗ на территории Московского Патриархата: по переписке митрополита Виталия (Устинова) и епископа Григория (Граббе) // Церковно-исторический вестник. 2013—2014. — № 20/21. — С. 214—217
Роль участников катакомбного движения в организационном оформлении епархий Русской Православной Церкви заграницей на канонической территории Московского Патриархата (1982—1994 гг.) // Церковно-исторический вестник. 2013—2014. — № 20/21. — С. 218—225
К вопросу об открытии приходов Русской Православной Церкви За границей в России на канонической территории Московского патриархата (1990—1995 гг.) // Ежегодная богословская конференция Православного Свято-Тихоновского Гуманитарного Университета. — М.: ПСТГУ. — 2015. — № 25. — С. 135—144
Деятельность Архиерейского Синода Русской Православной Церкви Заграницей в России на материалах церковных архивов (1990—2007 гг.) // Материалы ХХI Межрегиональной краеведческой конференции 15 апреля 2016 г. — Владимир, 2016. — С. 406—410.
Новейшая история русского православия — приходы Русской православной церкви заграницей в России на канонической территории Московского патриархата (1990—1995 гг.) // Государство, общество, Церковь в истории России ХХ-XXI веков. Мат-лы XV Междунар. науч. конф.: в 2-х частях. — 2016. — С. 505—515;
Деятельность Владимирской епархии Московского Патриархата по преодолению «Суздальского раскола» // Церковь, государство и общество в истории России и православных стран: религия, наука и образование. Материалы IХ Международной научной конференции, посвященной памяти православных просветителей святых равноапостольных Кирилла и Мефодия 17-24 мая 2017 г. — Владимир, 2017. — С. 211—213.
Начальный этап деятельности Русской Православной Церкви за границей в России (1990—1995 гг.) // Церковь. Государство и общество в истории России и православных стран: религия, наука и образование. Материалы IХ Международной научной конференции, посвященной памяти православных просветителей святых равноапостольных Кирилла и Мефодия 17-24 мая 2017 г. — Владимир, 2017. — С. 279—300. (в соавторстве с М. Л. Хижим)
Заочная духовная семинария Русской Православной Церкви Заграницей и ее роль в открытии приходов РПЦЗ на канонической территории Московского Патриархата (1990—1995 гг.) // Труды. Владимирской Свято-Феофановской духовной семинарии. — 2018. — № 2. — С. 44-54.
Переписка епископа Григория (Граббе) с Кирилловичами (кирилловской ветвью Российского Императорского Дома) (1952—1994 гг.) // Вестник Владимирского государственного университета имени А. Г. и Н. Г. Столетовых. Серия: Социальные и гуманитарные науки. — 2019. — № 1 (19).
Критический обзор Положения о приходах Свободной Российской Православной Церкви, принятого Архиерейским Собором РПЦЗ 2/15 мая 1990 г. // Труды Владимирской Свято-Феофановской духовной семинарии. — 2019. — № 3
Взаимодействие Русской православной церкви с традиционными конфессиями России на примере Владимирской епархии // Религия, конфессии, общество и государство: история и современность взаимоотношений. Материалы II Межрегиональной научной конференции. 2019. — С. 45-50.
Новейшие законодательные акты Архиерейского Синода Русской Православной Церкви Заграницей, принятые в связи с открытием епархий РПЦЗ на канонической территории Московского Патриархата (1990—2007 гг.) // Наследие христианской церкви: богословие, история, культура : Материалы III Международной научно-богословской конференции, Владимир, 20-21 мая 2021 года. — Вып. 3 (3). — Владимир: Издательско-полиграфическая компания «Транзит-ИКС», 2022. — С. 220—227.
Русская Православная Церковь Заграницей: присутствие в Святой Земле (1918—1968 гг.) // Наследие христианской церкви: богословие, история, культура : Материалы IV Всероссийской (с международным участием) научно-богословской конференции, Владимир, 24-25 марта 2022 года. Вып. 4 (4). — Владимир: Издательско-полиграфическая компания «Транзит-ИКС», 2022. — С. 23-28.
Храм гроба Господня: статус-кво и христианские Церкви в храме воскресения // Наследие христианской церкви: богословие, история, культура. Материалы V всероссийской научно-богословской конференции, посвященной 25-летию возрождения Владимирской духовной семинарии (16-17 марта 2023 года, г. Владимир). — Владимир: «Транзит-ИКС», 2023. — Вып. 5 (5). — С. 317—323.