Протеоформы

Протеоформы (англ. proteoforms) — белковые группы или белковые виды, возникающие за счет модификаций белка: аминокислотных замен (полиморфизм единичных аминокислот) (SAP), альтернативного сплайсинга (AS) и посттрансляционных модификаций (PTM), например фосфорилирования. Термин “белковый вид” или “протеоформа” относится к самой малой единице протеома, то есть полипептиду, имеющему уникальную последовательность и несущему уникальный набор посттрансляционных модификаций^[1]. Данный термин не стоит путать с изоформой, более частным термином, характеризующим только аминокислотную последовательность.

Целью основной фазы проекта «Протеом человека» являлось дополнение мастерного протеома сведениями о формах белков, возникающих в результате различных модификаций – наличия несинонимичных одно-нуклеотидных полиморфизмов в геноме, процессов альтернативного сплайсинга и пострансляционных модификаций. В результате вместо полученного на пилотной фазе мастерного протеома, когда одному гену соответствовал только один (мастерный) белок, в основной фазе проекта было проанализировано всё многообразие возможных протеоформ, кодируемых одним геном. Один ген может кодировать до 100 белков (то есть несколько миллионов протеоформ в масштабах организма) или несколько десятков тысяч для 18-й хромосомы человека. Основная фаза проекта “Протеом человека” позволит осуществить критическую оценку существующих биоинформатических предсказательных алгоритмов и, возможно, разработать новые алгоритмы, опирающиеся на экспериментальные данные по детектированию неканонических протеоформ^[2].

• Протеомика
• Сплайсинг
• Словарь терминов биотехнологии

1. ↑ Нарыжный, С. Н., Згода, В. Г., Майнскова, М. А., Ронжина, Н. Л., Белякова, Н. В., Легина, О. К., & Арчаков, А. И. (2015). Экспериментальная оценка размера протеомов клеток и плазмы крови человека. Биомедицинская химия, 61(2), 279-285.
2. ↑ Пономаренко, Е. А., Згода, В. Г., Копылов, А. Т., Поверенная, Е. В., Ильгисонис, Е. В., Лисица, А. В., & Арчаков, А. И. (2015). Россия в международном проекте “протеом человека”: первые итоги и перспективы. Биомедицинская химия, 61(2), 169-175.