В 1999 году был утверждён список населённых пунктов Вологодской области. Согласно этому списку на территории современного Ферапонтовского сельского поселения находились[3]:
Ферапонтовский сельсовет (ОКАТО 19 228 880), включавший 61 населённый пункт,
Суховерховский сельсовет (ОКАТО 19 228 872), включавший 30 населённых пунктов.
1 января 2006 года в составе Кирилловского района были образованы:
Ферапонтовское сельское поселение с центром Ферапонтово, в которое вошёл Ферапонтовский сельсовет,
Законом Вологодской области от 13 апреля 2009 года № 2005-ОЗ[5], сельские поселения Суховерховское и Ферапонтовское были преобразованы, путём их объединения, в сельское поселение Ферапонтовское с административным центром в селе Ферапонтово.
Законом Вологодской области от 25 июня 2015 года № 3691-ОЗ[6], сельские поселения Коварзинское и Ферапонтовское были преобразованы, путём их объединения, в сельское поселение Ферапонтовское с административным центром в селе Ферапонтово.
↑Закон Вологодской области от 25.06.2015 № 3691-ОЗ «О преобразовании некоторых муниципальных образований Кирилловского муниципального района, о внесении изменений в закон области „Об установлении границ Кирилловского муниципального района, границах и статусе муниципальных образований, входящих в его состав“ и изменения в приложение к закону области „О некоторых вопросах организации и деятельности органов местного самоуправления на территории Вологодской области“»