В 1906 году он по болезни ушёл в отставку и уехал к сыну, Борису, в Петербург. Умер 19 октября 1907 года. Состоял в чине действительного статского советника (соответствует генеральскому). Похоронен рядом с супругой на Никольском кладбище Александро-Невской Лавры в Санкт-Петербурге. Памятник, находившийся в полуразрушенном состоянии и на котором не было надписи о том, что здесь похоронен И. Я. Словцов (значилось лишь имя жены), был восстановлен в ноябре 2019 года.
Резун Д. Я.Словцов Иван Яковлевич // Историческая энциклопедия Сибири / Гл. ред. В. А. Ламин. — Новосибирск: ИД «Историческое наследие Сибири», 2009. — Т. 3. С—Я. — С. 119. — 784 с. — 3,000 экз. — ISBN 5-8402-0248-7.
Беспалова Л. Г.Сатира, проекты и размышления И. Я. Словцова // Ежегодник Тюменского областного краеведческого музея: 1996 / Ред. Т. М. Исламова и др. — Тюмень: Тюменский областной краеведческий музей им. И. Я. Словцова, 1998. — С. 74—80. — 209 с. — 1,000 экз. — ISBN 5-87591-007-0.
Копылов В. Е.Три поколения семьи Словцовых (к 160-летию со дня рождения учёного) // Земля Тюменская: Ежегодник Тюменского областного краеведческого музея: 2003 / Под ред. В. П. Петровой. — Тюмень: Изд-во ТюмГУ, 2004. — Т. 17. — С. 5—29. — 380 с. — 1,000 экз. — ISBN 5-88081-409-2.
Маракулина О. И.К истории формирования и экспонирования естественно-исторических коллекций Тюменского краеведческого музея // Земля Тюменская / Отв ред. С. Л. Белов. — Тюмень: ГАУ ТО «Музейный комплекс имени Ивана Яковлевича Словцова», 2010. — Т. 22. — С. 39—48. — 336 с. — 400 экз. — ISBN 978-5-98100-154-3.
Рафиенко Л. С.Мемориальные памятники, связанные с жизнью и деятельностью И. Я. Словцова // Ежегодник Тюменского областного краеведческого музея: 2001 / Отв. ред. В. П. Петрова. — Тюмень: Тюменский областной краеведческий музей им. И. Я. Словцова, 2002. — С. 279—288. — 416 с. — 1,000 экз.