Для усовершенствования в науках Фишер несколько раз предпринимал поездки за границу. В ходе поездки в 1897 году А. А. Фишер фон Вальдгейм посетил Королевский ботанический сад в Берлине, по праву считавшийся одним из лучших в Европе, другие ботанические сады, в частности, в Гамбурге, Брюсселе, Кью, описал их организацию, состав теплиц и лабораторий.
Занимался главным образом педагогической и научно-организационной работой.
В 1865 году начал чтение лекций в Московском университете в качестве приват-доцента, работал в университете до 1869 года.
В 1896 году был назначен директором Санкт-Петербургского ботанического сада (работал там до 1917 года), много сделал для расширения научной деятельности сада.
Переехал в Сочи. В 1919 году обосновал план развития промышленного цветоводства на Черноморском побережье для прекращения в будущем импорта цветов.
Современное состояние учения об оплодотворении хвойных. — 1865.
Практический курс микроскопии к морфологии, гистологии и физиологии растений. — 1865.
О почвоведении центральной полосы России. — 1869.
Головнёвые. — 1876.
К вопросу о причинах появления паразитов на культурных растениях. — 1880.
Курс общей ботаники. — 1880—1881.
Пятидесятилетний юбилей Императорского Московского общества испытателей природы и Второй съезд сельских хозяев. — 1883.
Юбилей Александра Григорьевича Фишера фон Вальдгейма. — 1883.
Курс систематики растений. — 1884—1885.
Экскурсия участников Международного ботанического конгресса в Брюссельский ботанический сад. — 1885.
Описание деятельности Карла Ивановича Ренара. — 1886.
Об открытии Гентской выставки. — 1886.
Курс ботаники. — 1888—1892.
О состоянии ботанических садов Варшавы и Петербурга. — 1893—1899.
Историко-статистическое описание Варшавского ботанического сада. — 1897.
О Тифлисском ботаническом саде. — 1897.
Отчёт о командировке заграницу в 1897 году. — СПб.: Тип. В. Киршбаума, 1898.
Исторический очерк Императорского Ботанического сада за последнее 25-летие его с 1873 г. по 1898 г. — 1898.
Отчёт о командировке в Париж на VI Международный конгресс по сельскому хозяйству. — 1901.
О 200-летии Ботанического сада. — 1913.
Императорский Санкт-Петербургский Ботанический сад за 200 лет его существования: (1713—1913) / Под ред. А. А. Фишер-фон-Вальдгейма. — Юбилейное изд. — СПб.: Тип. Акц. о-ва тип. дела.
Ч. 1. — 1913. — 412 с.: ил., 5 л. портр., 14 л. ил.
Ч. 2. — СПб.: [б. и.]. — 1913. — 321 с.
Ч. 3. — Петроград: [б. и.]. — 1913—1915. — 582 с.
Сестрорецкое побережье как курорт и дачная местность. — 1918.
↑Фролов А. И.Степановка (неопр.). Усадьбы Подмосковья. Издательский дом «Рипол классик», Компания «Яндекс» (2003, 2007). Дата обращения: 11 февраля 2010. Архивировано 17 апреля 2012 года.
Литература
Липский В. И.Фишер-фон-Вальдгейм Александр Александрович // Императорский Санкт-Петербургский ботанический сад за 200 лет его существования (1713—1913), ч. 3. — Юбилейное издание. — СПб., 1913—1915. — С. 101—108.
Пономарёв В. П., Шабанов В. М. Кавалеры Императорского ордена Святого Александра Невского. 1725 — 1917. Т. 3. — М., 2009. — С. 969. — ISBN 978-5-89577-145-7
Список гражданским чинам первых трёх классов. Исправлен по 1 сентября 1914 года. — Пг., 1914. — С. 142-143.
Императорский Московский университет: 1755-1917: энциклопедический словарь / А. Ю. Андреев, Д. А. Цыганков. — М.: Российская политическая энциклопедия (РОССПЭН), 2010. — С. 776. — 894 с. — 2000 экз. — ISBN 978-5-8243-1429-8.
Томан И.Б. Династии немецких ученых в Московском университете // Российское университетское образование в первом веке его существования. - М.: Гос. институт русского языка им. А.С.Пушкина, 2017. - С.119-128