Генетически входит в центрально-восточную надветвь, вместе с восточно-малайско-полинезийскими языками, однако их собственное единство находится под вопросом. Согласно результатам анализа Базы данных базовой лексики австронезийских языков (БДБЛАЯ) 2008 года[1] центральные МП языки являются не генетическим объединением, а т. н. линкиджем (linkage). Иными словами, язык-предок ЦВМП языков распался на диалектный континуум, каждый из членов которого дал начало отдельной ветви. При этом, если восточные МП языки затем распространились по огромной территории, языки остальных ветвей остались в пределах исходного ареала, продолжая обмениваться некоторыми чертами и инновациями. Эти языки и называются центральными МП языками. Таким образом, хотя между отдельными ветвями ЦМПЯ и существуют некоторые общие черты (обычно разделяемые не всеми ветвями), реконструировать общий язык-предок для возможно только для всех центрально-восточных МП, но не отдельно для центральных МП языков.
Согласно тому же исследованию базовой лексики (2008) центрально-восточные МП языки делятся на сумба-флоресские и ядерные ЦВМП языки, а последние в свою очередь на 6 независимых ветвей, одной из которых являются восточные МПЯ.
Теор-курские и западнодамарский языки не были включены в БДБЛАЯ 2008, однако традиционно включались в качестве отдельных групп в состав центрально-малайско-полинезийских языков и ниже включены в схему, но отмечены пунктиром.
