В 1817 году на Южный Кавказ с разрешения императора Александра I прибыло несколько сотен семей выходцев из Швабии, лютеран-пиетистов по вероисповеданию. Из них 120 семей, прибыв на территорию Азербайджана, основали здесь колонию Еленендорф.[1][2] С основанием колонии началась деятельность лютеранской общины.[3] Первые религиозные обряды проводились под руководством школьного учителя. Позже, в 1832 году, сюда был приглашён пастор из Ганновера.[4] В 1854 году было решено построить каменное здание церкви для лютеранской общины. 24 апреля того же года был заложен фундамент кирхи.[2][5] Работы заняли три года, и 10 марта 1857 года состоялось освящение новой кирхи, которая получила название церкви Святого Иоанна.[6][7][8] Это была первая в Азербайджане лютеранская церковь.[9][10][11] В церкви, построенной в стиле неоготики, был установлен орган производства компании "E.F.Walcker & Cie.", располагавшейся в Людвигсбурге. Кирха, построенная из красного камня, имеет часовую башню, 16 больших и 2 маленьких окна, две входные двери. Окна, двери и потолок изготовлены из дерева, пол выполнен из метлахской плитки, крыша — черепичная. Ширина здания – 13.3 м, длина – 36.6 м, высота потолка – 8.6 м.[12]
В период советской оккупации
После советской оккупации Азербайджана в 1928 году советские власти начали борьбу с религией. В декабре того года ЦК КП Азербайджана передал большое количество мечетей, церквей и синагог на баланс клубов в целях проведения просветительской работы.[13] В 1936-1938 гг. были арестованы пасторы всех действующих в стране лютеранский церквей.[14] Последний пастор церкви, Отто Венцель, был впервые арестован в 1931 году.[15] Позже он был освобожден и служил в церкви до 1936 года.[15] В 1936 году был арестован Народным комиссариатом внутренних дел СССР и содержался в заключении до 1939 года. Затем был освобождён, но снова арестован в том же году.[15] Колокола церкви Святого Иоанна были сняты, алтарь разрушен, а орган, установленный внутри, был вывезен. После депортации немцев в 1941 году церковь прекратила свое существование.[16] Позже здание использовалось как военный госпиталь и спортивный зал.[12][16]