С 1975 году Я. А. Шер был принят научным сотрудником в Государственный Эрмитаж, занимался проблемой использования информационных технологий и формализованных методов в музейном деле. В Эрмитаже возглавлял сначала сектор, а затем отдел музейной информатики (1975—1985). В 1981 году в специализированном совете Института истории, филологии и философии СО АН СССР Я. А. Шер защитил докторскую диссертацию по наскальному искусству Средней и Центральной Азии.
В октябре 1985 года Я. А. Шер был принят на должность профессора кафедры археологии в Кемеровский государственный университет. В течение ряда лет до 1991 года руководил полевыми работами по созданию археологической карты западной Тувы. В 1997—2004 годах возглавлял Сибирскую ассоциацию исследователей первобытного искусства (САИПИ).
Типологический метод в археологии и статистика // Доклады и сообщения археологов СССР / VII Международный конгресс доисториков и протоисториков. — М., 1966. — С. 253—266.
Интуиция и логика в археологических исследованиях // Статистико-комбинаторные методы в археологии / Под общ. ред. Б. А. Колчина и Я. А. Шера. — М., 1970. — C. 8—25.
Documentation of Museums Collections. — London, 1985 (в соавт.);
Мартынов А. И., Шер Я. А. Методы археологического исследования: Учеб. пособие для студентов вузов. — М.: Высшая школа, 1989. — 224 с.
Мартынов А. И., Шер Я. А. Методы археологического исследования. — М.: Высшая школа, 2002. — 240 с. — 6000 экз. — ISBN 5-06-004226-X.
Répertoire des pétroglyphes d’Asie centrale. № 1: Sibérie du Sud 1: Oglakhty I—III (Russie, Khakassie). — Paris, 1994 (в соавт.).
Первобытное искусство (проблемы происхождения). Кемерово, 1998 (в соавт.);
Шер Я. А., Вишняцкий Л. Б., Бледнова Н. С. Происхождение знакового поведения. — М.: Научный мир, 2004. — 280, [16] с. — 500 экз. — ISBN 5-89176-251-X.
Первобытное искусство / Я. А. Шер; при участии Н. С. Бледновой и С. В. Крюкова; ГОУ ВПО "Кемеровский государственный университет". — Кемерово: Кузбассвузиздат, 2006. — 352 с. — ISBN 5-202-00935-6.