Окончив институт, вместе с мужем переехала в Ленинград, где стала работать в Санитарно-гигиеническом медицинском институте, который располагался на базе больницы им. И. И. Мечникова[3]. Ассистировала профессору И. М. Тальману[3].
Вернулась в Москву и в 1958 году начала работать на кафедре урологии 2-го Московского медицинского института им. Н. И. Пирогова, сначала в должности ассистента, затем доцента кафедры[2]. Обучалась в клинической ординатуре и аспирантуре под руководством профессора А. Я. Пытеля[2]. Стояла у истоков важного для отечественного здравоохранения и практически неизученного в то время направления урологии — гемодиализа и пересадки почки[2].
В 1967 году защитила диссертацию на соискание ученой степени кандидата медицинских наук[4].
Под руководством профессора Н. А. Лопаткина участвовала в организации первого в СССР Центра гемодиализа для больных с терминальной почечной недостаточностью, где были начаты операции по пересадке трупной почки[5].
С 1979 года работает в Научно-исследовательском институте урологии Минздрава России сначала заведующей отделом мочекаменной болезни, а в 1996—2006 годах — заместителем директора по научной работе[6]. С 2006 года заведовала отделом последипломного образования НИИ урологии[5], до последних дней являлась главным научным сотрудником этого института[1][2].
В 1980 году защитила диссертацию на соискание ученой степени доктора медицинских наук[7][2]. В 1990 году ей было присвоено звание профессора[2].
Является автором более 500 научных работ, одним из авторов учебника «Урология»[8], за который в 1984 году ей была присуждена Государственная премия СССР в области медицины и медико-биологических проблем[2][9][страница не указана 1164 дня], а также трехтомного руководства по урологии и национального руководства по урологии[5]. Воспитала учеников и последователей, создав свою научную школу[5]. Под ее руководством защищено 13 докторских и 15 кандидатских диссертаций[3].
Многие годы Э. К. Яненко являлась главным урологом Департамента здравоохранения Москвы[2].
Константинова О. В. Чудновская М. В. Яненко Э. К. и др. Применение окиси магния и витамина Be для метафилактики оксалатного уролитиаза // Урология и нефрология. 1987. № 6. С. 12—15.
Коралловидный нефрометиаз (клиника, диагностика, лечение): Методические рекомендации / М-во здравоохранения РСФСР; [Сост. Э. К. Яненко]. М., 1990.
Лопаткин Н. А., Яненко Э. К., Симонов В. Я., и др. Профилактика и лечение осложнений дистанционной литотрипсии // Урология и нефрология. 1991. № 3. С. 3-7.
Яненко Э. К., Кульга Л. Г., Борисик В. И., Сафаров P. M. Лечение мочекаменной болезни при аномалиях почек: Методические рекомендации. М., 1993.
Яненко Э. К., Борисик В. И., Сафаров P.M., Кульга Л. Г. Профилактика и лечение осложнений ДЛТ при коралловом нефролитиазе // Пленум Всероссийского общества урологов. Пермь, 1994. С. 255—257.
Лопаткин Н. А., Яненко Э. К. Мочекаменная болезнь // Русский медицинский журнал. 2000. Том 8 № 3. С. 117—120.
Лопаткин Н. А., Яненко Э. К., Дзеранов Н. К., Мартов А. Г. Показания к дистанционной литотрипсии и перкутанной нефролитолапаксии при коралловидном камне единственной почки // Материалы Пленума правления РОУ. Тезисы докладов. Сочи, 2003. С. 196—197.
Яненко Э. К., Румянцев В. Б., Сафаров P. M., Ступак Н. В. Окклюзия мочевыводящих путей основная причина развития ряда осложнений мочекаменной болезни. // Урология. 2003. № 1. С. 17-21.
↑Яненко Э. К. Третья фракция свертывания крови при злокачественных новообразованиях почек, мочевого пузыря и предстательной железы. Автореферат дисcертации на соискание ученой степени кандидата медицинских наук / 2-й Моск. мед. ин-т им. Н. И. Пирогова. — Москва: [б. и.], 1967.
