Боннер был выбран под общим 45-м номером на драфте НБА 2003 года «Чикаго Буллз». Сразу после драфта был обменян в «Торонто Рэпторс». В составе команды на сезон 2003/04 Боннеру место не нашлось, и он подписал контракт на один год с итальянской «Мессиной». По возвращении в Америку Мэтт провёл 2 сезона за «Рэпторс». 21 июня 2006 года был обменян в «Сан-Антонио Спёрс», где играл до завершения карьеры.
Всего за карьеру провёл в НБА почти 800 матчей в регулярных сезонах, играя в среднем около 17 минут за матч и набирая 5,8 очка. Известен своим умением бросать из-за трёхочковой дуги, в сезоне 2010/11 был лидером НБА по проценту попадания трёхочковых бросков с показателем 45,7%. Всего за карьеру реализовал 797 трёхочковых из 1923 (41,4 %).
6 января 2017 года Боннер объявил о завершении своей карьеры[1].
Личная жизнь и семья
Жена Надя. Дочь Евангелина-Веспер Линн Боннер (англ. Evangeline-Vesper Lynne Bonner; род. 21 июня 2009 года), сын Август Боннер (англ.August Bonner; род. 27 августа 2012 года).
Младший брат Мэтта Люк Боннер (род. 28 марта 1985 года) также играл в баскетбол на профессиональном уровне, выступая за команды Лиги развития НБА, а также литовский «Нептунас». Завершил карьеру из-за травмы в 2012 году.
Достижения
Лидер НБА по проценту попадания трёхочковых бросков (2011)