Кубок Кыргызстана по футболу 2006 года, также известный как Кубок Независимости — 15-й розыгрыш ежегодного футбольного клубного турнира, второго по значимости в стране.
Финальный матч прошёл в Бишкеке на стадионе «Спартак». В третий раз подряд в финалах встречались «Дордой-Динамо» (Нарын) и «Жаштык-Ак-Алтын» (Кара-Суу) и в третий раз победу одержал «Дордой-Динамо». Для «Жаштыка» этот финал стал шестым проигранным финалом подряд, что стало мировым рекордом.
Турнир стартовал со стадии 1/32 финала. На ранних стадиях команды были разделены по региональным зонам (Север и Юг). В начальных раундах хозяином поля является команда, которая выступает в лиге, низшей по рангу, однако в ряде случаев это правило не соблюдалось. Если встречаются команды одной лиги, то хозяин поля определяется в результате жеребьёвки. Четвертьфиналы и полуфиналы разыгрывались в двух матчах, на поле каждого из соперников.
Команды Высшей лиги взяли старт со стадии 1/16 финала.
Участники турнира
Представительство участников
Раунд
Оставшихся команд
Участвует команд
Победителей из предыдущего раунда
Новые участники в этом раунде
Лиги, участвующие в этом раунде
Игровые дни по расписанию
1/32 финала
40
16
0
16
Первая, Вторая
даты неизвестны
1/16 финала
32
32
8
24
Высшая, Первая, Вторая
17 апреля 2006 года
1/8 финала
16
16
16
нет
-
3, 5, 16, 19 мая 2006 года
1/4 финала
8
8
8
нет
-
21-31 мая 2006 года
1/2 финала
4
4
4
нет
-
8, 15, 26 июля 2006 года
Финал
2
2
2
нет
-
31 августа 2006 года
Клубы-участники
Для участия в розыгрыше Кубка подали заявку 9 из 11 клубов Высшей лиги (кроме «Мурас-Спорт» Бишкек и «Достук» Узген), 7 из 10 клубов Северной зоны Первой лиги (кроме «Счастливый день» Кант, «Алыкул Осмонов» Каинда и молодёжной сборной Кыргызстана) и 24 клуба, представлявших Южную зону Первой лиги, Вторую лигу или более низшие дивизионы.
Представленный в источниках список результатов, возможно, не полон. Также, возможно, одни и те же матчи в источниках отнесены к 1/32 или 1/16 финала[уточнить].