Заняв 6-е место в чемпионате России 1998 года, клуб впервые завоевал путёвку на европейский турнир Кубок Интертото 1999. Команда дошла до полуфинала, где играла с итальянским «Ювентусом» и уступила в результате двухматчевого противостояния с общим счётом 1:9.
В 2014 году, завоевав Кубок России, «Ростов» получил право участвовать в розыгрыше Лиги Европы в сезоне-2014/15[1]. На стадии плей-офф «Ростов» дважды сыграл с турецким клубом «Трабзонспор». На выезде в Турции «Ростов» уступил со счетом 2:0, дома сыграл вничью 0:0. Таким образом, не сумев завоевать путевку в основной турнир, «Ростов» завершил своё первое участие в Лиге Европы.
Первым соперником ростовчан стал бельгийский «Андерлехт». В первом, домашнем матче «Ростов» дважды уступал в счёте, но в итоге матч завершился со счётом 2:2. В ответной игре в Брюсселе «Ростов» одержал свою первую победу на еврокубковой арене, обыграв «Андерлехт» со счётом 2:0, и в результате вышел в раунд плей-офф Лиги чемпионов.
В раунде плей-офф в первом матче против «Аякса» в Амстердаме «Ростов» добился ничейного результата — 1:1. На гол Кристиана Нобоа со штрафного хозяева ответили голом Дэви Классена с пенальти. В Ростове-на-Дону «Ростов» разгромил «Аякс» со счётом 4:1 и впервые в своей истории пробился в групповой этап Лиги чемпионов. Прошедшая 25 августа 2016 года жеребьёвка определила соперников ростовской команды в групповом этапе Лиги Чемпионов. Ими стали немецкая «Бавария», испанский «Атлетико Мадрид» и нидерландский ПСВ.
Уступив в четвёртом туре группового этапа мадридскому «Атлетико» на выезде со счётом 1:2, ростовчане потеряли шансы выйти в плей-офф Лиги чемпионов. Однако в 5-м туре в домашней игре «Ростов» сумел одержать историческую победу, одолев европейского гранда: со счётом 3:2 была повержена мюнхенская «Бавария»[2][3]. В заключительном туре группового этапа «Ростов» добился ничейного результата в Эйндховене с ПСВ, что позволило занять 3-е место в группе и пройти в весеннюю часть Лиги Европы УЕФА.
ПСВ (Эйндховен, Нидерланды): Зут, Ариас, Изима-Мирен 77' (Нарсинг 77'), Морено, Бренет, Шваб, Прёппер, Рамселар, Зинченко 62' (С. де Йонг 62'), Л. де Йонг, Бергвейн. Главный тренер: Ф. Коку. Ростов: Джанаев, Кудряшов, Мевля, Сесар Навас, Гранат, Калачёв 80' (Терентьев 80'), Гацкан, Нобоа, Ерохин, Полоз 89' (Бухаров 89'), Азмун 90' (Эззатоллахи 90'). Главный тренер: И. Данильянц.
Лига Европы
По результатам жеребьёвки, прошедшей в Ньоне 12 декабря, соперником Ростова по 1/16 финала Лиги Европы УЕФА стала чешская «Спарта». В результате двухматчевого противостояния «Ростов» одержал победу с общим счётом 5:1 и прошёл в следующую стадию еврокубка, где встретился с английским клубом «Манчестер Юнайтед», одним из фаворитов турнира. По итогам двухматчевого противостояния (1:1 в Ростове, 0:1 в гостях) ростовчане уступили и закончили своё выступление на стадии 1/8 финала, что стало наивысшим турнирным достижением команды.
По результатам выступлений в Российской премьер-лиге в сезоне 2019/20 «Ростов» получил право выступить в Лиге Европы, начиная с 3-го отборочного раунда[4]. На этом этапе он и закончил свое выступление в еврокубках, уступив израильскому «Маккаби».
.svg){kind=small}
