Иако није био један од лидера у покрету сецесије јужних држава, Малори је стао на страну Југа у борби против Севера. Када је формирана Конфедерација Америчких Држава, именован је за секретара морнарице у администрацији председника Џеферсона Дејвиса. Био је на дужности током постојања Конфедерације. Неке од његових идеја, као што је увођење оклопа у изградњи ратног брода, биле су прилично успешне и поставиле стандард у морнарицама широм света.
Малори је поднео оставку пошто је влада Конфедерације напустила престоницу Ричмонд на крају рата. Након коначног слома Конфедерације, он и неколико његових колега у кабинету су били затворени и оптужени за издају.[2] После више од годину дана у затвору, јавно расположење је омекшало, а одобрена му је условна слобода од стране председника Ендруа Џонсона. Његово здравље је почело нагло да се погоршава после повратка на Флориду. Умро је 9. новембра 1873.
Референце
^Scharf. Confederate States Navy,. стр. 29.n, states that he was born in 1813. Durkin, Confederate Navy Chief, p. 11n, asserts that Mallory in his childhood diary wrote that his age was nine when he began school in 1820. Most historians favor the later date, but they acknowledge that records are lacking. Mallory's tombstone in St. Michael's Cemetery, Pensacola, Florida, gives the year of 1812, but no exact birthdate:http://www.findagrave.com/cgi-bin/fg.cgi?page=pv&GRid=21357&PIpi=6333388.
Luraghi, Raimondo (1996). A History of the Confederate Navy. (tr. Paolo E. Coletta, Marina del Sud: storia della marina confederate nella Guerra Civile Americana, 1861-1865. Rizzoli, 1993) Annapolis: Naval Institute Press. ISBN978-1-55750-527-9.
Still, William N. (1985). Iron Afloat: The Story of the Confederate Armorclads. Nashville: Vanderbilt University Press, 1971; reprint, Columbia, S.C.: University of South Carolina Press. ISBN978-0-87249-454-1.
Underwood, Rodman L. (2005). Stephen Russell Mallory: a Biography of the Confederate Navy Secretary and United States Senator. Jefferson, N.C.: McFarland & Co. ISBN978-0-7864-2299-9. (alk. paper)