Klenov fragment

Funkcionalni domeni u Klenovom fragmentu (levo) i DNK polimerazi I (PDB).

Klenov fragment je veliki proteinski fragment koji se formira kada se DNK polimeraza I iz E. coli enzimatski preseče posredstvom proteaze subtilisina. Prvobitno je opisan 1970.^[1] On zadržava 5'-3' polimeraznu aktivnosti i 3’ → 5’ egzonukleaznu aktivnost za odvajanje prekodirajućih nukleotida i korekturu, ali gubi svoju 5' → 3' eksonukleaznu aktivnost.

Drugi manji fragment formiran kad se DNK polimeraza I iz E. coli preseče subtilisinom zadržava 5'-3' eksonukleaznu aktivnost, ali nema druga dva dejstva koje manifestuje Klenov fragment (i.e. 5'-> 3' polimerazna aktivnost i 3'->5' eksonukleazna aktivnost).

Istraživanja

5' → 3' egzonukleazno dejstvo DNK polimeraze I iz E. coli nije podesno za mnoge oblike primene, te stoga Klenov fragment, koji ne ispoljava tu aktivnost, može da bude veoma koristan u istraživanjima. Klenov fragment je ekstremno koristan u istraživačkim procesima kao što su:

Sinteza dvolančane DNK iz jednolačanog obrasca
Popunjavanje pobučenog 3' kraja DNK fragmenata da bi se dobili tupi 5' krajevi
Uklanjanje isturenih 3' prepusta
Priprema radioaktivnih DNK segmenata

Klenov fragment je isto tako bio originalni enzim koji se koristio za znatnu amplifikaciju segmenata DNK u procesu polimerazne lančane reakcije (PCR),^[2] pre nego što je bio zamenjen termostablnim enzimima kao što je Taq polimeraza.^[3]

Reference

^ Klenow H and Henningsen I (1970). „Selective Elimination of the Exonuclease Activity of the Deoxyribonucleic Acid Polymerase from Escherichia coli B by Limited Proteolysis”. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 65 (1): 168—175. PMC 286206 . PMID 4905667. doi:10.1073/pnas.65.1.168.
^ Saiki RK; et al. (1985). „Enzymatic Amplification of β-globin Genomic Sequences and Restriction Site Analysis for Diagnosis of Sickle Cell Anemia”. Science. 230: 1350—54. PMID 2999980. doi:10.1126/science.2999980.
^ Saiki; et al. (1988). „Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase”. Science. 239: 487—91. PMID 2448875. doi:10.1126/science.2448875.