Авґуста Марія народилась 6 лютого 1649 року у Готторпі молодшою з шістнадцяти дітей у шлюбі герцога Гольштейн-Готторпського Фрідріха III та Марії Єлизавети Саксонської. На момент народження мала дев'ятеро старших братів та сестер, які вижили.
У 21 рік вона була пошлюблена із старшим сином маркграфа Баден-ДурласькогоФрідріхом Магнусом. Весілля відбулося 15 травня 1670 у Хузумі. Сім років потому Фрідріх Магнус успадкував батьківський престол і Августа Марія стала маркграфинею.
У шлюбі народила одинадцятеро дітей
Авґуста Марія Шлезвіг-Гольштейн-Готторпська померла 25 квітня 1728 року, майже за 20 років по смерті чоловіка.