Протягом шести років викладав на кафедрі фізичного виховання Херсонського морехідного училища, після чого повернувся в рідний клуб як футбольний функціонер. Встиг пропрацювати тут і керівником команди, і технічним директором (від 1996 по 2007 роки).
Від 2007 року працював інспектором Федерації футболу України.
Від липня 2009 року працює директором ФК «Енергія» (Нова Каховка)[1][2].
Також саме Юрієві Бондаренкові приписують відкриття Олександра Головка як футболіста й рушія кар'єри легенди українського футболу[1].