Після закінчення Ванчурової гімназії у Сміхові з 1945 по 1951 навчався у Карловому університеті. Вивчав одночасно антропологію на природничому факультеті та лікарську справу. Під час навчання працював в Інституті судової медицини демонстратором і науковим співробітником.
У березні 1948 молодий студент був також учнем професорів Гаєка та Тесаржа під час розтину тіла міністра Яна Масарика.
З 1951 по 1957 працював у Державному Археологічному інституті в місті Нітра, пізніше — в Археологічному інституті у Празі. Початок наукової кар'єри вченого пов'язаний з Національним празьким музеєм, де у 1967 він заснував антропологічне відділення.
Спочатку Влчек зосередився на вивченні палеоантропології території Європи, його цікавили доісторичні та стародавні популяції, а вже згодом досліджував та описав велику групу Халха-монголів. Також вивчав еволюцію гомінід у Європі та описав величезну кількість знахідок з Балкан та інших регіонів Центральної Європи.[5]
З 1955 року професор Влчек почав опрацьовувати скелетні рештки чеських правителів та інших історичних особистостей. Завдяки своїм антропологічним та медичним дослідженням міг чітко визначати фізичні характеристики, генетичну спорідненість, приблизний вік на момент смерті, стан здоров'я та наявність захворювань даної постаті.
Антрополог дослідив кісткові рештки відомих історичних осіб
VLČEK, Emanuel. Bedřich Smetana: fyzická osobnost a hluchota. Praha: Vesmír, 2001. 94 s. ISBN 80-85977-46-X.
VLČEK, Emanuel. Bernard Bolzano: Podoba, tělesné vlastnosti a zdravotní stav. Praha: Památník národního písemnictví, 1981. 28 s.
VLČEK, Emanuel. Fyzická charakteristika osobnosti Karla IV.. Praha: Univerzita Karlova, 1998.
VLČEK, Emanuel. Fyzické osobnosti českých panovníků. I. díl. Nejstarší Přemyslovci. Praha: Vesmír, 1997. 398 s. ISBN 80-85977-09-5.
VLČEK, Emanuel. Fyzické osobnosti českých panovníků ; II. díl. Čeští králové: 1: atlas kosterních pozůstatků českých králů přemyslovské a lucemburské dynastie s podrobným komentářem a historickými poznámkami. Praha: Vesmír, 1999. 558 s. ISBN 80-85977-17-6.
VLČEK, Emanuel. Fyzické osobnosti českých panovníků ; III. díl. Čeští králové: 2: atlas kosterních pozůstatků Ladislava Pohrobka, Jiřího z Poděbrad a Habsburků pohřbených v Praze, s podrobným komentářem a historickými poznámkami. Praha: Vesmír, 2000. 301 s. ISBN 80-85977-29-X.
VLČEK, Emanuel. Jan z Pomuku: Sv.Jan Nepomucký: Jeho život, umučení a slavné působení ve světle současné historie a antropologie. Praha: Vesmír, 1993. 69 s. ISBN 80-901131-3-3.
VLČEK, Emanuel. Jak zemřeli: Významné osobnosti českých dějin z pohledu antropologie a lékařství. Praha: Academia, 1993. 279 s. ISBN 80-200-0400-9.
VLČEK, Emanuel. Osudy českých patronů. Praha: Zvon, 1995. 302 s. ISBN 80-7113-131-8.
Vlček Emanuel: Pádem vzhůru. Úraz Karla IV. ohrožující jeho život; Vesmír 4/1998, strana 218—223.
Čihák, R.: Emanuel Vlček, Vesmír 74, 1995, č. 3, s. 158.
Tomeš, J. a kol.: Český biografický slovník XX. století, 3. díl, Praha-Litomyšl 1999, s. 469.
Velemínský, P.: Professor MUDr. RNDr. h. c. Emanuel Vlček, DrSc, Časopis Národního muzea. Řada přírodovědná, 2005, č. 1-4, s. 149—168.
Vaněk, St.: Emanuel Vlček, Vesmír 85, 2006, č. 12, s. 714.
Prokopec, M.: Obituary: Prof. MUDr. et RNDr.h.c. Emanuel Vlček, DrSc., Anthropologie 44, 2006, č. 2, s. 214.
Aubrecht, Radek a kol. autorů: 130 let a osobností smíchovského gymnázia (1883—2013), Gymnázium Na Zatlance, Praha 2014, ISBN 978-80-260-6169-4, s. 44.