Йоахім Ернест народився в Дессау 21 жовтня 1536 року і став другим сином Йоганна V, принца Ангальт-Цербстського, та його дружини Маргарити Бранденбурзької, дочки Йоахіма I Нестора (курфюрста Бранденбурзького). Здобув широку освіту під керівництвом батька. 1 лютого 1549 року, у віці лише тринадцяти років, його офіційно прийняли до Університету Мартіна Лютера (Бранденбурзький університет), де він, серед інших, навчався у теолога Георга Гельта.
Князь Ангальт-Цербстський
У 1550 році, після смерті батька, він успадкував Ангальт-Цербстське князівство разом зі своїм старшим братом Карлом I та молодшим братом Бернхардом VII.
Смерть його дядька Георга III, який не мав спадкоємців чоловічої статі, дозволила йому та його братам, Карлу I та Бернгарду VII, успадкувати Ангальт-Плетцкау у 1553 році, тоді як смерть його дядька Йоахіма I у 1561 році дозволила йому та його братові, що залишився живим, Бернгарду VII успадкувати Ангальт-Дессауське князівство. У 1562 році двоюрідний брат Вольфганг зрікся на користь Йоахіма Ернеста Ангальт-Кетенського князівства.
Єдиний правитель Ангальту
У 1570 році смерть останнього брата, Бернхарда VII, залишила Йоахіма Ернеста єдиним правителем усіх держав Ангальт, які нарешті об'єдналися вперше після їхнього першого поділу в 1252 році. Зробив Дессау столицею володінь.
Йоахім Ернест був типовим монархом епохи Відродження, який щедро підтримував мистецтво та культуру. Він відправляв своїх синів з їхніми вихователями в освітні подорожі по Європі. Також він наказав синові свого канцлера, Тобіасу Хюбнеру, створити опис знаменитих лицарських ігор (нім. Ritterspiele), що відбувалися при дворі Дессау.
У 1572 році створив Регіональний правовий кодекс Ангальта (нім. Landesverordnung Anhalts), а в 1582 р. заснував вищу школу Франциска (нім. Gymnasium Francisceum) у Цербсті. Був палким прихильником Реформації та гугенотів.
Смерть і спадкоємство
Принц Йоахім Ернест помер у Дессау 6 грудня 1586 року. Оскільки право спадкування на територіях Ангальту не регулювалося прімогенітурою, семеро синів Йоахіма Ернеста спільно правили територіями Ангальту до 1603 року, коли п'ятеро синів, що залишилися в живих, розділили свої землі між собою.
Родина
У Барбі 3 березня 1560 року Йоахім Ернест одружився з Агнес Барбі-Мюлінген (нар. 23 червня 1540, Барбі – пом. 27 листопада 1569, Бернбург), дочкою Вольфганга I, графа Барбі-Мюлінген (1502–1564) та його дружини, графині Агнес Мансфельд (1511–1558). У них було шестеро дітей.