З 1979 до 1991 року працював в Обчислювальному центрі Південно-Західної залізниці. У 1992 році переведений в службу статистики Управління Південно-Західної залізниці на посаду заступника начальника служби. 1992—2000 роки — заступник начальника управління статистики, заступник начальника управління зовнішніх зв'язків Укрзалізниці. Координував розробку та укладення міжнародних угод України — Угоди між Урядом України та Урядом Республіки Польща про міжнародне сполучення через державний кордон, підготовку постанови Кабміну про приєднання України до Угоди про міжнародне залізничне вантажне сполучення (УМВС) та до Угоди про міжнародне пасажирське залізничне сполучення (УМПС).[8]
У 2000—2001 роках працював головним консультантом Комітету з питань будівництва, транспорту і зв'язку Верховної Ради України, редактором електронного бюлетеня та заступником директора видавництва «Юнікон Прес». У 2001—2003 роках працював в Асоціації міжнародних експедиторів України на посаді помічника президента з питань міжнародних зв'язків. У 2003—2005 роках — керівник департаменту зовнішньоекономічних зв'язків у Міністерстві транспорту та зв'язку України. Член делегації України на 66-й сесії Комітету внутрішнього транспорту Європейської економічної комісії ООН, 17–19 лютого 2004, Женева[9].
У 2020-2022 працював за сумісництвом старшим викладачем кафедри журналістики, видавничої справи, поліграфії та редагування Інституту філології та масових комунікацій Університету «Україна». Викладає дисципліни «Медіаправо і медіабезпека», «Новітні медіа»[23].
Автор однієї та співавтор трьох книг. Упорядник і перекладач книги «Підсумкові документи Всесвітнього саміту з питань інформаційного суспільства». Член редакційної колегії з підготовки видання книги «Марія Склодовська-Кюрі у Вікіпедії», Лодзь 2011.[джерело?]
Пероганич Ю. «Покажчик термінів Статуту залізниць України». Науково-практичне видання — Київ: «Основа», 2002, — 152 сторінок. ISBN 966-7233-75-8
«Довідник експедитора». У двох книгах. Книга перша/ Д. В. Зеркалов, В. Г. Кушнірчук, Ю. Й. Пероганич та ін. — Київ: Основа, 2002. — 624 сторінок., ISBN 966-7233-90-1
«Довідник експедитора». У двох книгах. Книга друга/ Д. В. Зеркалов, В. Г. Кушнірчук, Ю. Й. Пероганич та ін. — Київ: Основа, 2002. — 528 сторінок., ISBN 966-699-001-6
«Довідник залізничника». У восьми книгах. Книга перша: Перевезення вантажів/ Зеркалов Д. В., Зайончковський І. В., Пероганич Ю. Й. та ін. — Київ: Основа, 2004. — 552 сторінок. ISBN 966-699-047-4
Дорога в нікуди… і назад: документалістика, нотатки, поезія, проза, фото / Тетяна Череп-Пероганич, Юрій Пероганич. — Біла Церква: Час Змін Інформ, 2025, — 168 с. + вкл., іл. ISBN 978-617-8136-42-0.
↑«Поетична топоніміка»: Поезія та проза про села і міста України. (Літературно-краєзнавче видання. Альманах). — Редактор-упорядник — Любов Сердунич. / Хмельницький: ФОП Цюпак, 2015. — 228 с.: іл., сторінка 2
В. Фурса. Пероганич Юрій Йосипович / В. Фурса // Фурса В. М.Славні імена Носівщини. — 2-ге видання, доповнене, перероблене. — Ніжин : ТОВ «Аспект-Поліграф», 2012. — 384 сторінки : ілюстрації. ISBN 978-966-340-493-6. — С. 28, 222—224.