Виникли після розділу Чехословаччини. У березні 1939 року брали участь у швидкоплинному конфлікті з Угорщиною, де втратили 10 літаків. Першим збитим літаком був угорський Fiat CR.32, який збив 24 березня 1939 Франтішек Гановец. У вересні 1939 року брали участь у Польській кампанії на стороні вермахту. З липня 1941 року Словацькі повітряні сили брали участь у війні з СРСР. 29 липня 1941 відкрили рахунок, збивши на біплані Avia B-534 літак І-16 в районі Києва. Останній збитий літак Ла-5 збив 27 жовтня 1943 Франтішек Гановец в районі Керчі. Після цього словацькі ескадрильї були перекинуті назад до Словаччини де обороняли територію перед нальотами американських і англійських бомбардувальників. Після початку Словацького народного повстання значне число льотчиків перелетіло до партизанів і пізніше брали участь в боях з німецькою авіацією (до 18 жовтня 1944 року, коли Франтішек Гановец збив німецький Ju-88).