Умовні результати виборів 1801 року. Зелений позначає штати, які голосували за Джефферсона, синій позначає штати, які голосували за Берра. Штати, позначені сірим, кинули порожні бюлетені.
Крім того, вибори показали недоліки прийнятої конституції. Виборники мали кожний по два голоси, але могли голосувати лише за президента, а віце-президентом автоматично ставав кандидат, який став другим. Демократи-республіканці планували проголосувати так, щоб один з їх виборників проголосував лише один раз і таким чином Томас Джефферсон набрав би на один голос більше Аарона Берра, який би ставав віцепрезидентом при Джефферсоні. Проте внаслідок плутанини обидва кандидати від демократів-республіканців отримали рівну кількість голосів. Доля майбутнього президента опинилася в руках Палати представників, де більшістю тоді володіли федералісти. Щоб позбавити Джефферсона президентства, федералісти голосували за Берра. Це призвело до тижневого тупику в дебатах. Лише втручання лідера федералістів Олександра Гамільтона, який ненавидів Берра більше, ніж Джефферсона, вирішило питання на користь останнього. Щоб виключити в майбутньому подібну невизначеність, 1804 року була прийнята Дванадцята поправка до Конституції, яка дозволяла виборникам голосувати одним голосом за президента, а другим — за віцепрезидента.