Рестрикційний аналіз ампліфікованої рДНК

Рестрикці́йний ана́ліз ампліфіко́ваної рДНК (англ. ARDRA) — це молекулярно-генетичний метод, що базується на ПЛР і використанні рестриктаз. ARDRA аналіз використовують для геномного фінгерпринтингу, що необхідно для ідентифікації мікроорганізмів.

Суть методу

Для ARDRA аналізу розробляють універсальні праймери, за допомогою яких ампліфікують послідовності бактеріальної рДНК з наступним розщепленням ендонуклеазами рестрикції, що розрізають ПЛР-продукти на дрібні фрагменти (REA). Аналіз цих рестрикційних фрагментів використовується для визначення поліморфізму і класифікації бактеріальних ізолятів до роду та виду. Їх розділяють в гелі й досліджують за допомогою комп'ютерної програми.

Одним із варіантів ARDRA є аналіз поліморфізму довжини термінальних рестрикційних фрагментів (Т-RFLP), створений на основі спостереження того, що довжина термінальних рестрикційних фрагментів ампліфікованого гена 16S рРНК специфічна для різних філогенетичних груп. Після інкубації з рестриктазами ампліфікованих 16S фрагментів 5'-праймер, зв'язаний з міченим флуоресцентним барвником, мітить термінальний фрагмент ДНК, який тепер специфічно виявляється і розміри якого визначають до кількох пар основ, використовуючи напівавтоматичний електрофорез.

Див. також

рДНК

Література

Kitts C. L. Terminal restriction fragment patterns: a tool for comparing microbial communities and assessing community dynamics//Curr. Issues Intest. Microbiol. — 2001. — 2. — p. 17 — 25.
Marsh T. Terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP): an emerging method for characterizing diversity among homologous populations of amplification products// Curr. Opin. Microbiol. — 1999. — 2. — 323 — 327.
Massol-Deya A. A., Odelson D. A., Hickey R. F., Tiedje J. M. Bacterial community fingerprinting of amplified 16S and 16-23S ribosomal DNA gene sequences and restriction endonuclease analysis (ARDRA)// Molecular Microb. Ecol. Manual. — 1995. — 2. — p. 1 — 8.