Згодом працював заступником директора (1987—1996) і директором (1996—2017) Інституту, академіком-секретарем Відділення літератури, мови та мистецтвознавства НАН України (2004—2008), радником Президії НАН України (2009—2019), відповідальним редактором журналу «Мовознавство» (2007—2019)[3][4].
Першим у слов'янському мовознавстві розпочав системно досліджувати історію акцентуації кожної частини мови від праслов'янського періоду до нашого часу. На багатому матеріалі зі східнослов'янських акцентованих пам'яток і сучасних говорів вичерпно дослідив основні історичні закономірності наголошування іменників і дієслів. Становлення українського наголосу простежив як наслідок еволюції праслов'янської, давньоруської та староукраїнської акцентних систем. Особливу увагу приділив тим специфічним рисам і тенденціям, які прояснюють складні випадки наголошування в сучасній мові.
Вивчення природи балто-слов'янських і праслов'янських інтонацій, зібраний і опрацьований величезний фактичний матеріал східнослов'янських і південнослов'янських мов дали змогу В. Г. Скляренкові реконструювати праслов'янську акцентну систему, по-новому пояснити цілу низку акцентологічних явищ і процесів праслов'янської мови. Цим він заклав підвалини для створення в майбутньому історичних акцентологій слов'янських мов.
Співавтор і співредактор семитомного «Етимологічного словника української мови» — унікального лексикографічного видання, до якого він написав близько 2000 статей. Досліджував «темні місця» в «Слові о полку Ігоревім», переважну більшість яких прочитав і осмислив по-новому. Запропонував нову концепцію походження назв Русь і варяги. Його етимології відзначаються широтою залученого матеріалу й переконливістю аргументів.
Публікації
Монографії
Історія акцентуації іменників а-основ української мови. — К.: Наук. думка, 1969. — 146 с.
Історія акцентуації іменників середнього роду української мови. — К.: Наук. думка, 1979. — 109 с.
Історія української мови: Фонетика. — К.: Наук. думка, 1979. — 367 с. (автор розділу «Праслов'янські інтонації та їх відбиття в українській мові»).
Нариси з історичної акцентології української мови. — К.: Наук. думка, 1983. — 239 с.
Историческая типология славянских языков. — К.: Наук. думка, 1986. — 239 с. (автор розділу «Просодия»).
Акцентологічні коментарі до відмінювання іменників чоловічого роду // Праці Одеського державного університету ім. І. І. Мечникова. — Одеса, 1960. — Т. 150. — Вип. 6. — С. 63–69.
Наголошування іменників першої відміни // Українська мова та література в школі. — 1966. — № 5. — С. 22–25.
Прасербська двоскладова інтонація // Структура і розвиток слов'янських мов. — К., 1967. — С. 45–55.
К вопросу о происхождении славянской окситонированной акцентной парадигмы // Советское славяноведение. — 1988. — № 1. — С. 61–68.
Авторські наголоси у творах Т. Г. Шевченка // Культура слова. — К.: Наук. думка, 1989. — Вип. 37. — С. 22–25.
«Слово о полкý….» чи «Слово о пóлку…» // Культура слова. — К.: Наук. думка, 1990. — Вип. 38. — С. 74–76.
Звідки походить назва Україна // Україна. — 1991. — № 1. — С. 20–39.
Україна: походження назви // Вісник МАУ. — 1991. — № 1. — С. 66–72.
К истории славянской подвижной акцентной парадигмы // Вопросы языкознания. — 1991. — № 6. — С. 64–77.
Слова з двома наголосами в поетичних творах Лесі Українки // Культура слова. — 1991. — Вип. 40. — С. 32–35.
У нашім раї на землі // Культура слова. — 1996. — Вип. 48/49. — С. 100—103.
Прилетіла ластівка голубою ласкою… (про походження слів ластівка і ласка) // Культура слова. — 1997. — Вип. 50. — С. 56-61.
Щоб наш коровай ясен був // Культура слова. — 2000. — Вип. 53/54. — С. 109—114.
Бог і багатство, або Щастя давніх слов'ян // Культура слова. — 2004. — Вип. 64. — С. 72-74.
Походження етноніма «русини» // Життя у слові: Збірник наукових праць на пошану акад. В. М. Русанівського. — К.: Вид. дім Д. Бураго, 2011. — С. 96–104.
Походження слова суд «judicium» // Академік Олександр Савич Мельничук і сучасне мовознавство. — К.: Вид. дім Д. Бураго, 2012. — С. 9–16.