У сучасному вигляді заснована 1993 року після розпаду Чехословаччини та відповідного скасування чемпіонату Чехословаччини з футболу. У 2003—2014 роках мала назву Цоргонь ліга (титульним спонсором була місцева пивна торговельна марка Corgoň, що належить міжнародній пивоварній корпорації Heineken International). Сучасна назва турніру з сезону 2014—2015.
Передісторія
Літопис футбольного чемпіонату Словаччини поділяється на кілька етапів. Зі здобуттям державної Незалежності 1993 року стартував третій. Перший же тривав 17 років (1921—1938), коли Словаччина була частиною федеративної ЧСР. Другий етап випав на час існування (Першої) Словацької республіки — формально незалежної держави, котра існувала під протекторатом Третього Рейху.
Після розширення ліги у сезоні 2006—2007, участь у її турнірі беруть 12 команд. Чемпіонат проходить у три кола — команди грають одна з одною протягом змагання тричі (двічі вдома і один раз на виїзді або навпаки). Таким чином кожен з учасників ліги проводить протягом її розіграшу 33 матчі (з них 16 або 17 на домашній арені).
Фортуна ліга пов'язана відносинами вибуття та підвищення у класі з Першою словацькою лігою — по завершенні сезону Фортуна лігу полишає команда, що набрала найменшу кількість очок, а на її місце приходить команда-переможець Першої ліги.
