Голова ДФС має чотирьох заступників, у тому числі одного першого, які призначаються на посаду та звільняються з посади Кабінетом Міністрів України за поданням Прем'єр-міністра України.
Перший заступник Голови — Білан Сергій Васильович. Опікується питаннями боротьби з правопорушеннями під час застосування податкового, митного законодавства та законодавства з питань сплати єдиного внеску[1].
Заступник Голови — Кривіцький Віктор Броніславович (призначений 04.07.2018). Куратор митного напряму.
Заступник Голови — Бамбізов Євген Євгенійович (призначений 04.07.2018). Куратор податкового напряму.
Відсторонений Прем'єр-міністром А. Яценюком 24 лютого2015 у зв'язку з оприлюдненою у ЗМІ інформацією про зловживання в ДФС, на митниці, у податковій міліції[4]