Від 1957 року працював Інституті суспільних наук АН УРСР(нині — Інститут українознавства імені І. Крип'якевича НАН України) на різних посадах: молодший науковий співробітник (1957–1963), викладач кафедри історії України Львівського державного університету імені Івана Франка за сумісництвом (1957–1965).
21 березня1961 року захистив дисертацію на тему: «Боротьба селян Східної Галичини проти феодального гніту в першій половині XIX ст.» на здобуття наукового ступеня кандидата історичних наук.
1963—1974 роки — старший науковий співробітник, 1974–1990 роки — завідувач відділу історії України, заступник директора, виконувач обов'язків директора Інституту суспільних наук АН УРСР. Протягом 1985—1990 років — член спеціалізованої вченої ради Львівського державного університету імені І. Франка із захисту дисертацій на здобуття наукового ступеня кандидата історичних наук. Від 1993 року — завідувач відділу нової історії України, а у 1994—2001 роках — вчений секретар спеціалізованої вченої ради із захисту докторських та кандидатських дисертацій Інституту українознавства імені Івана Крип'якевича НАН України.
Указом Президента України № 1006/2001 від 23 жовтня 2001 року «Про відзначення державними нагородами України працівників Інституту українознавства імені І. Крип'якевича НАН України, м. Львів» Стеблій Феодосій Іванович нагороджений орденом «За заслуги» III ступеня[2].
Указом Президента України № 1086/2007 від 9 листопада 2007 року «Про відзначення державними нагородами України з нагоди Дня української писемності та мови» Стеблію Феодосію Івановичу присвоєно почесне звання Заслужений працівник культури України[3].
Стеблій Ф. Західноукраїнські землі під владою Австрії (кінець XVIII — перша половина XIX ст.) // Історія України. Курс лекцій: у 2-х томах. — Київ : Либідь, 1991. — Т. 1. — С. 412—427.
Стеблій Ф. Шляхом національного відродження. Західноукраїнські землі під владою Австро-Угорської імперії // Історія України: нове бачення: у 2-х томах. — Київ : Україна, 1996. — Т. 1. — С. 308—345.
Стеблий Ф., Криль М. Галицкая матица во Львове // Славянские матицы XIX века / И. И. Лещиловская. — Москва : РАН, Ин-т славяноведения и балканистики, 1996. — С. 190—233. — ISBN 5-7576-0025-Х.(рос.)
Стеблій Ф. Західноукраїнські землі під владою Австро-Угорської імперії // Історія України / В. А. Смолія. — Київ : Видавничий дім «Альтернативи», 1997. — С. 159—175.
Стеблій Ф. Весна народів // Львівщина: Історико-культурні та краєзнавчі нариси / В. Александрович, Ю. Бірюльов, М. Бандрівський та ін. — Львів : Центр Європи, 1998. — С. 165—182.
Стеблій Ф. Духовний П'ємонт українців // Львівщина: Історико-культурні та краєзнавчі нариси / В. Александрович, Ю. Бірюльов, М. Бандрівський та ін. — Львів : Центр Європи, 1998. — С. 205—222.
Стеблій Ф.Українці і поляки Галичини в 30-40-х pp. XIX ст.: пошуки політичного партнерства // Історіографічні дослідження в Україні. — Вип. 13. — Ч. 1: Україна. — Польща: історія і сучасність: Збірник наукових праць і спогадів пам'яті П. М. Калениченка (1923–1983) / Ред. кол.: В. А. Смолій (гол. редкол.), Ю. А. Пінчук (відп. ред.), Д. С. Вирський, С. В. Віднянський, В. М. Даниленко, Я. С. Калакура, М. П. Ковальський, В. Ф. Колесник, І. І. Колесник, С. В. Кульчицький, О. П. Реєнт, О. В. Ясь (відп. секретар); Упорядн.: А. П. Калениченко, Н. П. Калениченко. — НАН України. Інститут історії України. — Київ: Інститут історії України НАН України, 2003. — С. 98—113.
Стеблій Ф. 200-ті роковини Маркіяна Шашкевича // Інститут українознавства імені І. Крип'якевича Національної академії наук України в 2011 р. Інформаційний бюлетень. — Львів, 2012. — С. 190—192.
Steblij F. Iwan Krewećkyi (1883—1940) // Złota księga historiografii lwowskiej XIX s XX wieku. Tom II / Pod redakcją naukową J. Maternickiego, P. Sierżęgi, L. Zaszkilniaka. — Rzeszów, 2014. — S. 377-388. (пол.)
Феодосій Стеблій (1994–2009): біобібліографічний покажчик / Міністерство освіти і науки України, Львівський національний університет імені Івана Франка, Наукова бібліотека; уклад. О. Галевич; автор передмови Б. Якимович; редколегія: В. Кметь (голова), Б. Якимович, М. Ільницький, В. Горинь; науковий редактор В. Голубко; редактор Г. Чопик. — Львів, 2010. — 228 с.: іл., портр. — (Українська бібліографія. Нова серія; число 28: Біобібліографія вчених університету).