Примітки:
1. Клуби Алма-Ата та Мегаспорт після закінчення чемпіонату об'єднались у клуб Локомотив.
2. З клубу Шахтар було знято 9 очок за участь у договірному матчі.
3. Клуб Восток було виключено із чемпіонату за участь у договірному матчі.
4. З клубу Кайрат було знято 3 очки за несвоєчасне повернення боргів. 20 січня 2009 року клуб був знятий з чемпіонату через фінансові причини.
5. З клубу Астана було знято 3 очки за невиплату коштів за транфер гравця та заробітної плати екс-тренеру Олександр Ірхін. 20 січня 2009 року клуб був знятий з чемпіонату через невиплачені борги.