Село засноване 1624 року. За переписом 1897 року кількість мешканців становила 523 осіб (255 чоловічої статі та 268 — жіночої), з яких 523 — православної віри[8].
19 травня 2016 року Постановою Верховної Ради України село Червоний Колодязь перейменоване на Чистий Колодязь[9].
12 червня 2020 року, відповідно до розпорядження Кабінету Міністрів України № 730-р «Про визначення адміністративних центрів та затвердження територій територіальних громад Чернігівської області», увійшло до складу Лосинівської селищної громади[10].
↑Описи Лівобережної України кінця XVIII – початку XIX ст. / Упорядкув., передм. Т. Б. Ананьєвої; Ред. кол.: П. С. Сохань (відп. ред.), Г. В. Боряк, В. А. Смолій, Ф. П. Шевченко, Н. М. Яковенко. НАН України. Археографічна комісія, Інститут української археографії та джерелознавства ім. М. С. Грушевського; Українська правнича фундація. – К.: Наук. думка, 1997. – 395 с. – (Описово-статистичні джерела) с.136