Місто вперше згадується в VIII столітті. У ранньому середньовіччі місто було столицею маркграфів Нордгау.
З 1254 до приєднання до Баварії в 1803 р. вільне місто в складі Священної Римської імперії. У XIII ст. був оточений кам'яною стіною з воротами й вежами, деякі відрізки якої збереглися (одне з єдиних місць Швайнфурта, яке найменше постраждало від Другої світової війни). Укріплення міста були модернізовані під час Тридцятирічної війни.
Після розорення під час Другої маркграфської війни (1554) відновлювався протягом півстоліття. У цей період були споруджені головні збережені пам'ятки, включаючи ратушу (1572) і церква Івана Хрестителя (1562). У 1652 р. чотири міських лікарів заснували установу під назвою Academia Curiosorum, нині відоме як Леопольдина.
Під час Другої світової війни підшипникові заводи зробили Швайнфурт однією з головних цілей авіанальотів союзників на території Німеччини. У підсумку місто було вщент зруйноване.